Contrat doctoral (H/F) - Reconstruction de l'histoire démographique récente à partir des co-ascendances

Sujet de thèse :
Le projet de thèse s’insère dans le projet ANR DEMOMAR qui vise à améliorer les inférences démographiques récentes pour la conservation d’espèces marines à l'aide des segments génomiques d'ascendance partagée.

De nombreuses populations de poissons marins sont actuellement en danger, alors que des populations humaines en dépendent. Les mesures de conservation actuelles (évaluation des stocks, régulation des pêches et aires marines protégées) ne suffisent pas toujours à empêcher le déclin des stocks en raison du manque de données démographiques qui restent des quantités difficiles à estimer. Le projet DEMOMAR a pour objectif de développer des méthodes d’identification et de datation des segments génomiques identiques-par-descendance afin de mieux documenter les changements récents induits par l’homme sur la taille des populations, la structure d’apparentement et la dispersion.

Les questions posées dans ce projet de thèse en lien avec le projet DEMOMAR touchent à la dimension temporelle de l’histoire démographique récente des populations :
Comment la variance du succès reproductif entre individus affecte-t-elle la distribution des segments IBD au sein des populations naturelles ? Comment la mortalité sélective exercée par la pêche affecte-t-elle cette distribution ? Est-il possible d’utiliser ce signal pour évaluer rétrospectivement l'impact démographique de la pêche lorsque les données de capture ne sont pas disponibles ? Comment détecter et quantifier empiriquement le signal généalogique d’un rétablissement post-effondrement à partir de la distribution des segments IBD ? Dans quelle mesure le rétablissement démographique dépend-il de la contribution d'individus très féconds à la croissance de la population ? Comment le potentiel de rétablissement d'une espèce est-il affecté par la troncature des distributions de taille et d'âge causée par l'exploitation ?

Le doctorant aura pour mission de répondre à ces questions en développant des prédictions théoriques à partir de simulations basées sur des modèles démo-génétiques, puis il testera ces prédictions à l’aide de deux cas d’études empiriques de poissons d’Atlantique et de Méditerranée : le bar européen et le thon rouge, pour lesquels des données de séquençage génomique seront générées par haplotagging.

Activités
- Participation à l’échantillonnage
- Responsable de la base de données des deux espèces étudiées
- Modélisation à l’aide de simulations démo-génétiques (MSprime, SLiM)
- Analyses bioinformatiques des données génomiques générées par haplotagging
- Analyses de génomique des populations (pedigrée populationnel, ARG)
- Rédaction d’articles scientifiques

Compétences
- Modélisation de données génétiques par simulations
- Génomique des populations
- Connaissances de base en bioinformatique (bash, python, R)
- Permis de conduire apprécié

- Anglais
Niveau académique, parlé et écrit
Contexte :
Le doctorant recruté sera ac
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