Ingénieur d’étude en bioinformatique (H/F)
Référence : UMR7280-SEBJAE-001
- Fonction publique : Fonction publique de l'État
- Employeur : Centre national de la recherche scientifique (CNRS)
- Localisation : 13288 MARSEILLE 09 (France)
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- Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
- Nature du contrat Non renseigné
- Expérience souhaitée Non renseigné
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Rémunération (fourchette indicative pour les contractuels) de 2540,99€ à 3786,43€ bruts mensuel € brut/an
- Catégorie Catégorie A (cadre)
- Management Non renseigné
- Télétravail possible Non renseigné
Vos missions en quelques mots
Missions :
· Traitement et analyse des données bioinformatiques produites par le projet de recherche en relation avec l’équipe.
· Mise au point de plan d’analyse adaptés et production de rapports d’analyse pour communiquer les résultats et les présenter à l’équipe de recherche.
· Collaboration avec l’équipe de recherche et son environnement scientifique, notamment avec les autres bioinformaticiens et bioinformaticiennes du groupe et du CB2M.
Activités :
· Intégration au projet de recherche cité, assimilation des questions biologiques posées et mise au point un plan d'analyse bio-informatique adapté.
· Analyse des données du projet ( (scRNA-seq, SnRNAseq, spatial transcriptomic...) : analyse en réduction de dimensionnalité (ACP, t-SNE), expression différentielle, enrichissement fonctionnel, étude d’hétérogénéité cellulaire, dynamique, cell-cell communication...).
· Communication scientifique interne et externe. Mise en forme des résultats pour publications scientifiques.
· Participation aux lab meeting de l’équipe
· Participation aux rencontres et aux échanges de la communauté des bioinformaticiens du centre et de la région.
Contexte de travail :
Unité mixte de recherche du CNRS, de l’INSERM et d’Aix-Marseille Université, le CIML est composé d’environ 200 personnes et 15 équipes de recherche et situé sur le parc scientifique et technologique de Luminy à Marseille (France). La personne recrutée intégrera l'équipe de recherche "Immunologie intégrative des lymphocytes B" dirigée par Pierre Milpied au sein du CIML. Elle sera hébergée au sein des bureaux du groupe CB2M (Computational biology, Biostatistics and Modeling) dans lesquels se regroupe la majorité des bioinformaticiens du centre.
Profil recherché
Competences :
1. Maîtrise de la programmation en R, PYTHON.
2. Maîtrise des outils d’analyse de données de séquençage à haut-débit de préférence en transcriptomique (RNA-seq, single-cell RNA-seq).
3. Compréhension pratique des méthodes mathématiques d’analyse de données multidimensionnelles.
4. Maîtrise de l’anglais scientifique écrit et oral.
5. Connaissance en administration système sous Unix/Linux, Shell.
Contraintes et risques :
Risque lié au travail sur écran (ergonomie...)
Niveau d'études minimum requis
- Niveau Niveau 6 Licence/diplômes équivalents
- Spécialisation Sciences naturelles (biologie-géologie)
Langues
- Français Seuil
Qui sommes-nous ?
Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation.
C’est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 33 000 femmes et hommes (dont plus de 16 000 chercheurs et plus de 16 000 ingénieurs et techniciens), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines.
Depuis plus de 80 ans, le CNRS développe des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait du CNRS un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde.
Le partenariat qui lie le CNRS avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.
À propos de l'offre
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ANR AAPG-PRC-2023 "GCselection"
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Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.
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Vacant
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Experte / Expert en biologie - SVT
