Ingénieur.e bioinformaticien.ne en déploiement d'applications sur des ressources haute performance et e
Référence : UAR3601-ANILEF-030
- Fonction publique : Fonction publique de l'État
- Employeur : Centre national de la recherche scientifique (CNRS)
- Localisation : 75005 PARIS (France)
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- Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
- Nature du contrat Non renseigné
- Expérience souhaitée Non renseigné
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Rémunération (fourchette indicative pour les contractuels) entre 2932,84 et 3557,58 euros bruts par mois selon expérience € brut/an
- Catégorie Catégorie A (cadre)
- Management Non renseigné
- Télétravail possible Non renseigné
Vos missions en quelques mots
Missions :
Dans le cadre du projet Mutualized Digital Spaces for FAIR Life and Health Sciences (MUDIS4LS, PIA3 ESR/Equipex+), l’IFB recrute un ingénieur bioinformaticien à Paris (plateforme de bioinformatique de l’Institut Curie), pour mettre en place des ressources bioinformatiques utiles pour appliquer le calcul à haute performance (HPC) et l'intelligence artificielle (AI) aux données de biologie.
Vos missions principales seront :
- Accompagner l’intégration logicielle des applications scientifiques en Biologie des partenaires du projet, notamment sur les phases de benchmarking et d'intégration sur les ressources de calcul HPC/AI du projet (supercalculateur JeanZay, GENCI & CNRS).
- Contribuer à l'animation du groupe de travail, à travers l'organisation des réunions et la rédaction des rapports et des documentations techniques et fonctionnelles.
Activités :
Accompagner les chercheurs.ses et développeurs.ses des applications bioinformatiques du projet pour leur description logicielle et l'évaluation de leurs besoins.
Contribuer à l'intégration et au déploiement des logiciels et pipelines bioinformatiques du projet sur les ressources de calcul HPC/AI.
Contribuer à l’intégration et à la gestion (DMP) des données du projet.
Évaluer les performances des solutions logicielles des applications scientifiques.
Contribuer au maintien des solutions logicielles en condition opérationnelle.
Rédiger et mettre à niveau les documentations techniques et fonctionnelles.
Effectuer une veille technologique.
Contribuer à l’assistance aux partenaires du projet.
Former les utilisateurs à l'utilisation des solutions logicielles déployées.
Contribuer à l'organisation des réunions du projet.
Contexte de travail :
L’Institut Français de Bioinformatique (IFB ; france-bioinformatique.fr) est une infrastructure nationale qui regroupe 35 plateformes et équipes de recherche en bioinformatique, et une unité coordinatrice, IFB-Core (UAR 3601). L’IFB déploie sur l’ensemble du territoire national des services en bioinformatique: infrastructure de calcul, logiciels et bases de données, analyse des données biologiques, gestion des données, formations.
Le projet Mutualized Digital Spaces for FAIR Life and Health Sciences (MUDIS4LS, PIA3 ESR/Equipex+) finance l’équipement de l’ensemble du réseau national de ressources computationnelles (NNCR) de l’IFB, et des développements innovants pour faciliter la gestion des données, et l’appui aux communautés des sciences du vivant (microbiologie, santé, agronomie, environnement).
Dans ce contexte, l’IFB recrute un ingénieur bioinformaticien en déploiement d'applications sur des ressources haute performance et en intelligence artificielle pour mettre en place des ressources bioinformatiques utiles pour appliquer le calcul à haute performance (HPC) et l'intelligence artificielle (AI) aux données de biologie (une expérience en HPC et/ou en IA sera appréciable). Vous participerez active
Voir plus sur le site emploi.cnrs.fr...
Profil recherché
Competences :
Formation
Diplômé(e) (Bac+5) en bioinformatique ou informatique.
Maîtrise générale des outils logiciels standards en Bioinformatique.
Maîtrise des formats de données en Bioinformatique.
Maîtrise des environnements Linux et des langages (shell, python, R).
Maîtrise des outils de gestion de versions des codes source déploiement continu (git, GitLab, GitLab CI/CD)
Connaissance des gestionnaires de workflow courants en bioinformatiques (nextflow, snakemake).
Connaissance des environnements de calcul liés au calcul haute-performance (HPC) et en intelligence artificielle (AI).
Connaissance des techniques de conteneurisation (apptainer/singularity, docker, podman)
Compréhension de l'anglais oral et écrit : B1 à B2 (cadre européen commun de référence pour les langues).
Capacité à travailler en mode projet et en équipe.
Réactivité, autonomie, initiative, rigueur.
Sens de l'organisation.
Esprit d'équipe et sens de la collaboration.
Capacité à travailler en réseau, avec les outils numériques modernes (messagerie instantanée, visioconférence).
Contraintes et risques :
La plateforme de bioinformatique de l’Institut Curie est composée de 20 bioinformaticiens, biostatisticiens et ingénieurs logiciels, qui offrent une expertise multidisciplinaire et apportent un support aux plateformes biotechnologiques de CurieCoreTech, ainsi qu’aux unités de recherche et à hôpital dans leurs activités quotidiennes. Les compétences portent sur la gestion et l’analyse de données, le développement logiciels et le calcul scientifique.
La personne recrutée sera formée à son arrivée aux outils et techniques mis en œuvre au sein d'une infrastructure de calcul scientifique. Elle s'intégrera dans son équipe d'accueil, et participera, sur site et en télétravail, aux groupes de travail de l'IFB pertinents pour sa mission. Le travail nécessitera des déplacements occasionnels en France et à l'étranger pour participer à des réunions, des formations ou des événements.
Niveau d'études minimum requis
- Niveau Niveau 7 Master/diplômes équivalents
- Spécialisation Informatique, traitement de l'information, réseau de transmission des données
Langues
- Français Seuil
Qui sommes-nous ?
Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation.
C’est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 33 000 femmes et hommes (dont plus de 16 000 chercheurs et plus de 16 000 ingénieurs et techniciens), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines.
Depuis plus de 80 ans, le CNRS développe des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait du CNRS un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde.
Le partenariat qui lie le CNRS avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.
À propos de l'offre
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Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.
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Vacant
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Responsable du système d'information « métier »
