Apprenti 2ème année de Master Microbiologie et génie biologique de l’université Paris-Saclay H/F

Poste :
L’apprenti(e) effectuera son année d’apprentissage au sein du département de Virologie (6 équipes au total). Il/elle sera intégré(e) dans l’équipe "Bactériophages de bactéries Gram-positives" dirigée par Paulo Tavares, composée de 6 personnes (1 DR, 2 CR, 1 IE, 1 T et 1 doctorante).
Les locaux de l’équipe se situent dans le bâtiment 24 sur le campus CNRS à Gif-sur-Yvette.

Le projet de recherche porte sur la réplication de l’ADN viral du bactériophage SPP1 et l’impact du système de défense bactérien Shedu sur la multiplication du phage.

Chez tous les organismes vivants, la réplication du matériel génétique est un processus essentiel pour assurer une descendance. Le modèle d’étude de l’équipe d’accueil est le bactériophage SPP1 qui infecte la bactérie Gram-positive Bacillus subtilis. Pour amplifier rapidement son matériel génétique et atteindre plus de 300 copies de génome viral après 30 minutes d’infection (Labarde et al, 2021), la réplication du phage se fait selon deux modes successifs. Le premier (mode "theta") permet de copier de nouvelles molécules d’ADN sous forme circulaire à partir de la molécule d’ADN de SPP1 entrée dans la cellule et recircularisée. Le second (mode "sigma") permet de générer de longues molécules linéaires appelés concatémères. Ces concatémères sont le substrat pour l’encapsidation de l’ADN viral dans la procapside. La transition entre les 2 modes de réplication est donc une étape cruciale du cycle infectieux pour générer de nouveaux virus infectieux.

La première partie du projet portera sur la transition de réplication entre les mode theta et sigma. L’initiation de la réplication est un processus qui a été très étudié et les partenaires cellulaires et viraux impliqués dans le mécanisme sont bien identifiés. En revanche, la réplication sigma et en particulier la transition entre les 2 modes de réplication est peu documentée. Les protéines impliquées dans ce mécanisme ont été caractérisées biochimiquement (Valero-Rello et al, 2017) mais leur mode d’action dans la transition reste méconnue. Parmi ces protéines, deux sont particulièrement intéressantes : la protéine gp34.1 (une exonucléase 5’-3’) et la protéine gp35 (une recombinase).

L’apprenti(e) aura pour mission l’étude de l’impact de l’absence des protéines gp34.1 et gp35 pendant l’infection virale. Il étudiera :
* la cinétique de production de particules virales par titration de phages infectieux
* la synthèse d’ADN viral par des expériences en PCR quantitative
* la taille et le type de molécules d’ADN de SPP1 synthétisées (cercles, concatémères, intermédiaires) par des expériences en électrophorèse sur gel en champs pulsé et détection de l’ADN viral par Southern blot
* la topologie des molécules d’ADN de SPP1 présentes (cercles, concatémères, intermédiaires) par des analyses en microscopie électronique
* l’organisation de l’ADN viral (compartiments viro-induits - Labarde et al, 2021) dans le cytop
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