Apprenti Licence 3 plateforme Protéomique-Gif (LP3) H/F

Poste :
La protéomique étudie les protéines, qui sont les produits finaux de l’expression des gènes et les acteurs essentiels des grandes fonctions cellulaires. Des dysfonctionnements au niveau de ces protéines peuvent induire diverses pathologies. Au cours de leur vie dans la cellule ou lors de leur synthèse, ces protéines peuvent être modifiées par l’ajout de groupements chimiques. Ces modifications post-traductionnelles (PTM) sont souvent catalysées par d’autres protéines et peuvent avoir un impact sur leur activité, leur fonction et leur localisation cellulaire.
L’analyse des modifications post-traductionnelles par spectrométrie de masse vise à caractériser ces protéines modifiées en identifiant la nature des modifications et en localisant précisément le site de modification au niveau peptidique ou des acides aminés. Cela permet de documenter les mécanismes moléculaires impliqués dans la régulation des fonctions biologiques et dans certains processus pathologiques. Un défi majeur dans l’étude de ces modifications repose sur l’hétérogénéité qu’elles induisent dans l’échantillon, ainsi que sur la faible quantité de protéines modifiées présentes.
Le projet confié à l’apprenti(e) consistera à mettre en place, optimiser et développer les approches d’analyse et d’enrichissement des modifications post-traductionnelles sur le nouveau spectromètre de masse timsTOF Ultra2 de la plateforme Protéomique-Gif.
Ce projet sur 1 an (L3) comportera:
- le développement d’approches globales de type «shotgun», dites « discovery » qui consisteront à caractériser et identifier les protéines et leurs modifications post-traductionnelles avec sur des échantillons complexes, à partir de quantités très faibles de matériel. Ces développements impliqueront des optimisations de conditions de préparation d’échantillon, des paramètres d’acquisition avec le nouveau spectromètre de masse et d’analyses de données spécifiques, différents de ceux utilisés jusqu’alors sur la plateforme pour les analyses protéomqiues classiques.
- le développement d’approches ciblées et spécifiques d’enrichissement de peptides modifiés, en particulier phosphorylés et ubiquitinylés, et/ou de méthodes d’acquisition de spectrométrie de masse dans le but d’optimiser la détection et l’identification de ces peptides modifiés enrichis à partir d’extraits protéiques complexes.
Ces développements seront initiés sur des échantillons commerciaux et seront appliqués ensuite dans le cadre d’un projet collaboratif. Ils ouvriront des perspectives particulièrement intéressantes pour plusieurs projets collaboratifs ayant un interêts pour ces modifications en cours avec des équipes de recherche de l’I2BC et de l’Université Paris-Saclay. Ainsi après une mise en place de chaque méthode sur un échantillon modèle, elles pourront être appliquées à d’autres projets collaboratifs de la plateforme qui ont un besoin fort de pouvoir accéder à ces méthodes, et disposent du m
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