Assistant ingénieur en analyse d’images et traitement de données (H/F)

Missions :
Dans le cadre d’un projet international de thérapie génique pour le syndrome de Dravet, l’agent contribuera activement à l’évaluation des vecteurs viraux développés au laboratoire, en particulier à travers :
• Le développement, l’implémentation et l’optimisation de workflows semi-automatisés pour quantifier la transduction virale dans des tissus cérébraux.
• L’analyse d’images issues de la microscopie confocale et à champ large, en lien avec les marquages cellulaires et les zones de transduction.
• La participation à l’analyse de données transcriptomiques (bulk et single-cell RNA-seq) et de transcriptomique spatiale, en collaboration avec les plateformes et les équipes bioinformatiques.
• L’intégration des résultats d’imagerie et d’analyse génomique pour aider à cartographier les réseaux neuronaux modifiés suite à l’injection des vecteurs viraux.
• La documentation des analyses, la rédaction de protocoles, et la participation à la valorisation scientifique du projet (rapports, publications, présentations).

Activités :
- Gérer le prétraitement, segmentation et quantification d’images issues d’immunohistochimie et d’immunofluorescence sur tissu cérébral (modèles murins).
-Utiliser les logiciels tels que Fiji/ImageJ, QuPath, Cellpose, ilastik, et outils de traitement par scripts personnalisés (Python ou R).
- Développer ou adapter des workflows automatisés pour l’analyse d’images en grand volume (batch analysis), incluant la reconnaissance cellulaire, la mesure d’intensité et la cartographie des signaux.
- Contribuer à l’analyse de données transcriptomiques et spatiales, en lien avec les résultats d’imagerie (compétences en visualisation, clustering, annotation cellulaire).
- Collaborer étroitement avec les biologistes, virologues, et bioinformaticiens du laboratoire ainsi qu’avec la plateforme d’analyse de l’IGMM.
- Participer à l’interprétation biologique des données et à la formulation d’hypothèses sur les effets de la thérapie génique sur les circuits neuronaux.
- Gérer la documentation précise des workflows utilisés, mise en place de procédures reproductibles (versioning, traçabilité), et participer à la diffusion scientifique des résultats.

Contexte de travail :
L’équipe de recherche dirigée par Éric Kremer à l’Institut de Génétique Moléculaire de Montpellier (IGMM UMR5535) est reconnu pour ses travaux sur les vecteurs viraux innovants, en particulier les adénovirus canins (CAV-2), destinés à la thérapie génique du système nerveux central. Grâce au soutien de la Dravet Syndrome Foundation, un projet international a été lancé pour développer des vecteurs viraux permettant de restaurer l’expression du gène SCN1A, dont la mutation est responsable du syndrome de Dravet.
Ce projet vise également à mettre en place un système de cartographie des réseaux cérébraux modifiés après injection des vecteurs, en ciblant notamment des sous-populations neuronales, y compris — mais sans s’y lim
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