Assistant Ingénieur en Bioinformatique (H/F)

Référence : UMR5284-CHRMAR-014

  • Fonction publique : Fonction publique de l'État
  • Employeur : Centre national de la recherche scientifique (CNRS)
  • Localisation : 69008 LYON 08 (France)
Domaine : Recherche
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  • Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
  • Nature du contrat Non renseigné
  • Expérience souhaitée Non renseigné
  • Rémunération (fourchette indicative pour les contractuels) A partir de 2280 € brut mensuels selon expérience € brut/an
  • Catégorie Catégorie A (cadre)
  • Management Non renseigné
  • Télétravail possible Non renseigné

Vos missions en quelques mots

Missions :
L'AI en bioinformatique travaillera en soutien d'un projet visant à évaluer les changements cellulaires de la dystrophie musculaire de Duchenne. L'agent traitera et analysera des données obtenues en RNA-seq sur noyaux uniques. Il/elle établira les liste de gènes différentiellement exprimés entre cellules saines et dystrophiques.

Activités :
● Définir, en interaction avec les biologistes, le plan d'analyse et l'interprétation des données
● Réaliser les projets d'analyses de données biologiques du laboratoire, en utilisant les outils actuels de bioinformatique
● Identifier, concevoir et développer les outils informatiques adaptés aux problématiques de l’équipe ou des collaborations permettant d'exploiter les données obtenues

Contexte de travail :
Vous travaillerez au sein de l'unité MeLiS (Université Claude Bernard Lyon 1, CNRS 5284 INSERM 1314) située dans la faculté de Médecine et de pharmacie de Rockefeller, dans l'équipe de Marcelle-LeGrand.
Les équipes MeLiS s'intéressent aux mécanismes moléculaires opérant dans une variété de compartiments cellulaires, dans les cils, les membranes, les axones, synapses et circuits, avec un accent particulier sur les cellules neuronales et musculaires.
Nous étudions un éventail de processus biologiques et leurs altérations dans les maladies humaines affectant les organismes en développement, adultes et vieillissants.

Pour plus d’information sur l’équipe de recherche de Marcelle-LeGrand (Formation, croissance et réparation du muscle) que vous intégrerez : https://inmg.fr/melis/fr/team_marcelle.php

En intégrant le CNRS, voici ce que nous vous proposons :
• Un environnement de travail stimulant aux contacts des personnels de la recherche
• 44 jours de congés / RTT par an
• D'excellentes conditions de travail (horaires flexibles, télétravail)
• Le remboursement partiel des titres de transport (75%) + forfait mobilité durable pouvant aller jusqu'à 300€/an

Profil recherché

Competences :
● Avoir eu une première expérience en analyses omiques ou multiomiques (Bulk RNA-seq, ChIP-seq, ATAC-seq, single cell/nuclei, etc.)
● Maîtriser les éléments de langages propres à la bioinformatique pour permettre une bonne communication avec les biologistes/techniciens/hors milieu de la bioinformatique
● Maîtriser les aspects basiques de la bioinformatique (contrôle-qualité du séquençage, contrôle-qualité de l’alignement contre une référence, savoir rechercher une information dans des fichiers de séquençage ou d’alignements)
● Maîtriser les bonnes pratiques de la visualisation de l’information
● Connaître et savoir différencier les techniques de comptages de reads en sortie d’alignement
● Maîtriser au moins un outil d’analyses différentiels (DESeq2, limma et, ou edgeR)
● Maîtriser au moins un outil d’alignement contre une référence (STAR, Bowtie2, BWA)
Contraintes et risques :
N/A

Niveau d'études minimum requis

  • Niveau Niveau 5 Diplômes de niveau bac +2
  • Spécialisation Sciences naturelles (biologie-géologie)

Langues

  • Français Seuil

Qui sommes-nous ?

Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation.

C’est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 33 000 femmes et hommes (dont plus de 16 000 chercheurs et plus de 16 000 ingénieurs et techniciens), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines.

En savoir plus sur l'employeur

À propos de l'offre

  • Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

  • Vacant

  • Experte / Expert en biologie - SVT

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