assistant ingénieur logiciel TP70% (H/F)
Référence : UMR5086-LUCMON-006
- Fonction publique : Fonction publique de l'État
- Employeur : Centre national de la recherche scientifique (CNRS)
- Localisation : 69367 LYON 07 (France)
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- Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
- Nature du contrat Non renseigné
- Expérience souhaitée Non renseigné
-
Rémunération (fourchette indicative pour les contractuels) à partir de 1596 euros bruts mensuels selon experience € brut/an
- Catégorie Catégorie A (cadre)
- Management Non renseigné
- Télétravail possible Non renseigné
Vos missions en quelques mots
Missions :
L’ITA recruté/e sera intégré dans l’équipe de bioinformatique du Laboratoire MMSB (UMR 5086 ; équipe MOMS). Il aura une double mission visant à (1) assurer le développement et la maintenance des outils bioinformatiques pour la simulation des protéines au niveau gros-grain (champ de force Martini 3) ; (2) contribuer aux différents tâches prévues dans le cadre du projet ANR SELDOM.
Le poste proposé est un temps incomplet à 70%.
Activités :
La personne recrutée aura la charge de :
• Contribuer aux différentes tâches liées à la modélisation des protéines membranaire, utilise dans plusieurs projets dans l’equipe MOMS.
• Développer et implémenter des algorithmes pour la préparation des simulations gros-grain avec le champ de force Martini.
• Contribuer au développement du champ de force Martini 3 pour les lipides neutres (esters du cholesterol) et des protéines ; en particulier, l’ITA recruté/e s’occupera de l’optimisation du backbone des protéines.
• Développer et implémenter de nouvelles méthodologies pour l’analyse des trajectoires de simulations moléculaires, réalisées par l’équipe MOBI.
• Développer des tutoriels pour illustrer e fonctionnement des différentes outils bioinformatiques utilisé dans l’équipe, et le partager sur le site GitHub de l’équipe.
• Former les nouveaux arrivants de l’équipe MOBI aux bonnes pratiques de programmation, à l’utilisation des ressources informatiques disponibles dans l’équipe (y inclus GitHub), et au stockage des données.
Contexte de travail :
Le laboratoire MMSB regroupe 11 équipes et 90 agents environ.
MMSB a mise en place une infrastructures de calcul scientifique (576 CPU, 2GPU) et une dédiée aux services web (96 CPU, 2 GPU). Dans MMSB, l’équipe MOMS (bioinformatique et modélisation moléculaire) est impliqué dans le développement du champs de force Martini, un projet collaboratif qui implique plusieurs équipes de recherche dans différents pays.
Le recrutement d’un ITA permettrait la poursuite des travaux en cours liées au développement du champs de force Martini, et en particulier le projet ANR SELDOM sur la biogenèse des gouttelettes lipidiques.
Profil recherché
Competences :
• Connaissances théoriques générales dans le domaine de la biologie structurale (membranes biologiques, protéines membranaires).
• Connaissances générales des principes de physico-chimie déterminant la structure des macromolécules biologiques (en particulier protéines et membranes lipidiques) et leurs interactions.
• Connaissances théorique et pratique des principes et des algorithmes de la dynamique moléculaire, et en particulier du logiciel GROMACS.
• Connaissances théorique et expérience souhaitée avec le champ de force Martini 3.
• Connaissances pratiques du système d’exploitation Linux (incluant les bases de l’administration des systèmes), du langage bash et d’ordonnanceurs de tâches informatiques pour clusters de calculs.
• Connaissances pratiques du langage Python et ses bibliothèques de calculs scientifiques et d’analyse de données.
Contraintes et risques :
• Une expérience avec la modélisation de dynamique moléculaire gros-grain et le champ de force Martini 3 est souhaitée.
• Travail à l’ordinateur.
Niveau d'études minimum requis
- Niveau Niveau 5 Diplômes de niveau bac +2
- Spécialisation Informatique, traitement de l'information, réseau de transmission des données
Langues
- Français Seuil
Qui sommes-nous ?
Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation.
C’est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 33 000 femmes et hommes (dont plus de 16 000 chercheurs et plus de 16 000 ingénieurs et techniciens), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines.
Depuis plus de 80 ans, le CNRS développe des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait du CNRS un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde.
Le partenariat qui lie le CNRS avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.
À propos de l'offre
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• DUT, BTS
• Domaine de formation souhaité : bioinformatique, chimie computationnelle. -
Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.
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Vacant
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Analyste en traitement d'incidents informatiques
