Bio-informaticien (H/F)
Référence : 2024-1716862
- Fonction publique : Fonction publique de l'État
- Employeur : Agence Nationale de Sécurité Sanitaire de l'Alimentation, de l'Environnement et du Travail (ANSES)
- Localisation : Ploufragan (22)
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- Nature de l’emploi Emploi ouvert aux titulaires et aux contractuels
- Expérience souhaitée Confirmé
-
Rémunération (fourchette indicative pour les contractuels) selon expériences et diplômes € brut/an
- Catégorie Catégorie A (cadre)
- Management Non
- Télétravail possible Oui
Vos missions en quelques mots
Vos missions
Rattaché à l’équipe bio-informatique de l’Unité de Génétique Virale et Biosécurité, vous assurerez, en coordination avec les autres membres de l’équipe, les analyses de données de séquençage (virales, bactériennes, Illumina Nextseq Miseq, MinION). Vous pourrez vous appuyer sur un environnement déjà en place (gitlab, galaxy, slurm, limms interne) sous environnement linux. En fonction de vos compétences, pourront s’y adjoindre des taches d’administration système ou réseau (Ubuntu, slurm, nfs), de sauvegarde, de soumission aux banques de données publiques et/ou d’automatisation. Vous serez impliqué dans des activités de développement et de recherche de l’unité en fonction de ses affinités (analyses virales ou bactériennes, Machine Learning, OGM).
Votre quotidien
- Analyse de données de séquençage : en routine et exploratoire.
- Monter et participer à des projets de recherche, développer de nouveaux outils bio-informatiques dédiés aux analyses en lien avec les missions de l’Anses et particulièrement –travaux sur virus, bactéries et leurs interactions avec leurs hôtes.
- Support de l’infrastructure informatique mise en place par l’équipe bioinfo (slurm, sauvegardes, applications Django, Galaxy et wrappers)
- Valorisation des travaux par des articles, communications aux niveaux national et international
Profil recherché
De formation BAC + 5 à BAC + 8 en bio-informatique, vous avez un goût prononcé pour la recherche, avez des connaissances biologiques générales, et un attrait pour les statistiques et la programmation.
Niveau d'études minimum requis
- Niveau Niveau 7 Master/diplômes équivalents
- Spécialisation Chimie-biologie, biochimie
Compétences attendues
Programmation en Python, R, Snakemake
Connaissances de conda/mamba, git et gitlab, docker/apptainer/podman
Bonnes connaissances en biologie
Des connaissances en statistiques et particulièrement en Machine Learning seraient un plus
Des connaissances en programmation django seraient un plus
Expérience en montage de projets
Bonne maîtrise de l'Anglais technique lu, écrit, parlé
Maîtrise des environnements Linux/Unix Windows 10
Travail en équipe indispensable (intra équipe et inter équipes pour les projets)
Qualités requises : grande autonomie, organisation, rigueur
Une connaissance préalable des outils bio-informatiques et des méthodes de traitement des données issues de séquençages haut débit serait un plus (bwa, bowtie2, fastp, shovill, etc…)
Éléments de candidature
Documents à transmettre
Qui sommes-nous ?
Respirer, manger, travailler… notre vie quotidienne peut nous exposer à des risques pour notre santé. Les évolutions du climat, des technologies et nos choix de société font également émerger des menaces nouvelles pour l’Homme et l’environnement, en France et au-delà des frontières. Au service de l’intérêt général, l’Anses œuvre chaque jour à mobiliser la science pour un monde plus sûr, plus sain, pour tous.
L’Anses est l’agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail.
Établissement public à caractère administratif, sous la tutelle des ministères de la santé, de l’environnement, de l’agriculture, du travail et de la consommation.
Répartis sur 16 sites en France, plus de 1400 femmes et hommes s’engagent chaque jour pour un monde plus sûr, plus sain.
Descriptif du service
La direction pilote : ANSES de Ploufragan-Plouzané-Niort.
Au sein de cette direction, l’Unité de Génétique Virale et Biosécurité (UGVB) est une unité à positionnement transversal avec une forte orientation de son activité axée sur l’innovation en méthodologie.
Elle contribue grâce à une dynamique de plateforme (NGS, transcriptomique, séquençage long reads) à fournir un environnement scientifique et technique propice aux activités de recherche et de référence du site de Ploufragan-Plouzané-Niort ainsi qu’aux autres sites de l’ANSES.
Dans le cadre de son activité de plateforme, l’UGVB collabore avec de nombreux laboratoires de l’ANSES dont : LSV Angers (OGM), SPAAD (Maisons-Alfort), Lyon, Fougères, Nancy.
Vous rejoindrez une équipe de quatre personnes dédiées à l’analyse de données de séquençage haut débit. Vous pourrez intégrer les projets en cours, visant pour certains à l’homogénéisation / l‘intégration des méthodes d’analyses d’autres sites de l’ANSES.
À propos de l'offre
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Date de prise de fonctions : Dès que possible
Rémunération : Selon l’expérience et le niveau de formation par référence aux grilles indiciaires des agences sanitaires ou selon statut particulier si fonctionnaire.
Infos pratiques :
Le poste est basé à Ploufragan (22440)
Accès par le train (2h15 de Paris) et en voiture
Pour postuler :
Adresser au plus tard le 25/10/2024, lettre de motivation + CV en indiquant la référence 2024-163 à recrutement@anses.fr
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Vous travaillerez en laboratoire P2+
(Impossibilité d’ouvrir les fenêtres, laboratoire en surpression, changement d’habits à l’entrée et à la sortie).
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Vacant à partir du 02/12/2024
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Experte / Expert en biologie - SVT
