Bioinformaticien Agents Infectieux, spécialisé en analyse de génomes bactériens F/H

Référence : APHP_2026-20113

  • Fonction publique : Fonction publique Hospitalière
  • Employeur : Hôpital Saint-Louis
  • Localisation : Paris (75), France
Domaine : Sécurité
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  • Nature du contrat Non renseigné
  • Expérience souhaitée Non renseigné
  • Rémunération Fourchette indicative pour les contractuels Non renseignée Fourchette indicative pour les fonctionnaires Non renseignée
  • Catégorie Non renseigné
  • Management Non renseigné
  • Télétravail possible Non renseigné

Vos missions en quelques mots

Mission principale
• L’implémentation et la mise en place des outils et des workflows d’analyses des données biologiques issues du séquençage haut-débit des génomes bactériens sur la plateforme Moabi
• Finalisation installation interphase pipeline pour le diagnostic de la syphilis
• L’administration et la maintenance des pipelines d’analyses des génomes bactériens
• La participation aux activités du site internet du cnr https://www.cnr-ist.fr/
• La veille scientifique afin de proposer les méthodes d’analyses de données de séquençage à la pointe de l’innovation
• La valorisation et le partage des application développées dans la communauté scientifique
• Le support technique & scientifique, et la formation des biologistes aux solutions bioinformatiques proposées

Personnel paramédical attribué au CNR des IST bactériennes
2 ingénieurs, 1 bio-informaticien, 1 technicien, 1 technicien ANRS/PHRC

Profil recherché

PRE-REQUIS
Master ou doctorat en Biologie/Informatique (double compétence appréciée)

SAVOIR FAIRE REQUIS
• Maitrise de l'environnement UNIX/LINUX et d'un ou des langages de programmation (PYTHON,PERL, R, Bash…)
• Connaissance du gestionnaire snakemake et de Docker
• Maitrise des concepts et outils bioinformatiques en particulier ceux utilisés en génomique et pour l'analyse des données NGS
• Maitrise des bonnes pratiques de développement informatique amenant à la production d'un code fiable
• Organisation et gestion de projet
• Pratique courante de l'anglais scientifique écrit et oral

CONNAISSANCES ASSOCIEES
Formation en Bio-informatique

À propos de l'offre

  • Responsable ou personnel de laboratoire

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