Bioinformaticien (H/F)

Sujet de thèse :
Titre de la thèse : Décryptage computationnel et modélisation mathématique des réseaux de régulation contrôlant la biologie des cellules dendritiques plasmacytoïdes.

Résumé du projet de thèse : Notre objectif est de développer une nouvelle stratégie interdisciplinaire pour identifier et modéliser les réseaux de régulation moléculaires et les interactions cellulaires contrôlant l'identité et les fonctions physiologiques des types cellulaires. Nous nous focaliserons sur les cellules dendritiques plasmacytoïdes (pDCs), des cellules immunitaires d’intérêt pour le projet car leurs identité et fonctions sont controversées en raison de leur grande plasticité. Sur le plan méthodologique, la plasticité remarquable des pDCs pose un défi computationnel unique : selon leur microenvironnement tissulaire et leur état d’activation, elles expriment différents modules de gènes, certains spécifiques, d’autres partagés avec les cellules dendritiques ou les cellules lymphoïdes innées. Cette complexité soulève des questions fondamentales sur l’identité et les fonctions des pDCs, y compris si elles correspondent à un type cellulaire unique ou appartiennent à la famille des cellules dendritiques versus celle des cellules lymphoïdes innées (1, 2). Les récentes avancées en bioinformatique, notamment dans l’analyse moléculaire en cellules uniques et l’inférence de réseaux de gène, offrent de nouvelles opportunités pour décrypter cette plasticité (3). Ces approches permettent d’identifier de manière non supervisée des modules de gènes corégulés, ouvrant la voie à une meilleure compréhension des mécanismes moléculaires qui définissent et maintiennent l’identité des pDCs malgré leur plasticité, ou qui contrôlent leurs fonctions selon leur état d’activation. Pour résoudre cette controverse, nous unissons les forces de 2 équipes, l’une experte en immunologie et l’autre en sciences informatiques. Grâce à des techniques de caractérisation des cellules individuelles, nous avons établi la trajectoire d'activation des pDCs lors d'une infection virale. L’analyse approfondie de ces données nécessitera que nous développions ensemble une approche algorithmique pour modéliser les mécanismes gouvernant l'identité et la plasticité des pDCs. Les pDCs sont une source majeure d'interférons de type I et III (IFNs), des cytokines clés dans la défense de l’organisme contre les virus (4). Certains mécanismes moléculaires promouvant la production d’IFNs par les pDCs sont connus; cependant, ils ne suffisent pas à comprendre comment cette fonction est contrôlée dans le temps et l'espace. Combler cette lacune est crucial, car la dérégulation du contrôle de la production d’IFNs par les pDCs contribue à diverses maladies, inflammatoires ou auto-immunes tels le psoriasis et le lupus, ou induites par des infections virales respiratoires ou chroniques (4, 5). Le projet pourra donc ouvrir des perspectives thérapeutiques pour promouvoir l
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