Biologie computationnelle pour la modélisation multi-échelle des écosystèmes microbiens H/F

Résumé du projet scientifique :
Les avancées récentes en modélisation numérique et en intelligence artificielle ouvrent de nouvelles perspectives pour répondre à des questions majeures en biologie. Parmi celles-ci figurent les relations entre séquences, structures et fonctions des protéines, ainsi que la dynamique des communautés microbiennes et leur adaptation à leur environnement. Cette CPJ en biologie computationnelle, axée sur la modélisation et l’apprentissage, permettra de renforcer ces axes de recherche.
Il s’agira de développer des modèles prédictifs performants, capables d’intégrer plusieurs échelles, allant des fonctions biologiques des protéines aux interactions complexes au sein d’un organisme (e.g. métabolisme) ou d’un écosystème. S’appuyant sur une synergie d’expertises interdisciplinaires, ces recherches seront enrichies par des données massives issues de projets nationaux, tels que Tara Oceans et ATLAsea, et par les criblages à haut débit, qui font partie des expertises clés des équipes de l'UMR8030.

Résumé du projet d'enseignement :
L'objectif est de former les étudiants à l’utilisation des outils de modélisation numérique et d’intelligence artificielle pour répondre à des questions fondamentales et appliquées en biologie. Ce projet vise à développer des compétences en analyse de données massives, en modélisation prédictive multi-échelle et en apprentissage appliqué à des systèmes biologiques complexes. Il s’adresse aux étudiants de niveau Master ou Doctorat en biologie, bioinformatique, sciences des données ou génomique, avec un intérêt marqué pour les approches intégrant mathématiques et biologie.
Stratégie de l'établissement :
Le CNRS apporte à la fois son expertise et sa capacité de coordination aux grands programmes de recherche nationaux. Dans ce cadre, cette CPJ a pour objectif de modéliser les fonctions biologiques à partir des « big data » issues d’initiatives explorant la biodiversité telles que Tara Oceans et ATLAsea. Cette CPJ s’inscrit également dans une stratégie plus large, couvrant la période 2023-2027, au cours de laquelle le CNRS et ses partenaires ont la volonté de renforcer leur capacité à traiter des données hétérogènes et multi-échelles dans le domaine des "omics".
Stragtégie du Laboratoire :
Le laboratoire explore la biodiversité génomique et fonctionnelle à travers l’étude de consortia d’organismes issus d’environnements variés, tout en cherchant à élucider les fonctions de gènes inconnus grâce à des approches combinant génomique et validation expérimentale. Ces recherches ouvrent de nouvelles perspectives en biotechnologie, notamment en biocatalyse et en biologie de synthèse, en exploitant les capacités chimiques du vivant. Dans une démarche de développement durable, l’unité développe des solutions biologiques pour promouvoir la chimie verte et réduire l’impact environnemental de la chimie industrielle.