Biologiste en analyse de données H/F

Référence : UMR5005-FLODES-021

  • Fonction publique : Fonction publique de l'État
  • Employeur : Centre national de la recherche scientifique (CNRS)
  • Localisation : 69134 ECULLY (France)
Domaine : Recherche
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  • Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
  • Nature du contrat Non renseigné
  • Expérience souhaitée Non renseigné
  • Rémunération (fourchette indicative pour les contractuels) à partir de 2875 euros bruts mensuels selon expérience € brut/an
  • Catégorie Catégorie A (cadre)
  • Management Non renseigné
  • Télétravail possible Non renseigné

Vos missions en quelques mots

Missions :
Réaliser le traitement et l'analyse de données de séquençage
Activités :
- Réaliser le traitement et l’analyse des données de séquençage en 16S du
microbiote de la peau des souris
- Exploiter et mettre en forme les résultats des données traitées
- Diffuser les résultats lors des réunions de l’équipe projet et/ou auprès de l’ANSES
- Assurer une veille scientifique et technologique
- Valoriser les résultats par la participation à la rédaction d’articles dans des revues
du domaine scientifique
Contexte de travail :
Le laboratoire Ampère est une unité de recherche multidisciplinaire basée à Lyon, réunissant l'Ecole Centrale de Lyon, l'INSA de Lyon et l'Université Lyon I, réunissant 212 membres, dont la moitié sont des doctorants, et organisé autour de trois pôles : Énergie Électrique, Automatique des Systèmes et Bioingénierie.

Le département Bioingénierie (40 personnes) se distingue par ses recherches à l'avant-garde, avec deux axes principaux : l'étude des communautés bactériennes en interaction avec leur environnement, et le développement de nouvelles technologies pour la santé et l'environnement, via l'électrochimie, les microsystèmes et l'électromagnétisme.

L'équipe de Génomique Microbienne Environnementale (GME) explore les réponses des microbes aux perturbations environnementales à travers une approche innovante combinant microbiologie, génétique, biochimie, biologie moléculaire et métagénomique. . Ils disposent d'une plateforme expérimentale high-tech de 200 m² dédiée au séquençage de nouvelle génération (Miseq, Illumina®, MinION).
Dans le cadre du projet « 5G-Sens-Skin », financé par l'Anses (2023-2026), le laboratoire recrute un.e Ingénieur.e de Recherche en bioinformatique. Ce projet d'avant-garde évalue l'impact des radiofréquences 5G sur la peau et ses bactéries, avec des implications cruciales pour la santé publique. Vous aurez l'opportunité d'analyser les données génomiques de microbiotes cutanés de souris exposées à la 5G, en étroite collaboration avec une équipe multidisciplinaire d'experts et au sein d'un environnement scientifique exceptionnel sur le campus de l'Ecole Centrale de Lyon.

Le poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST), et nécessite donc, conformément à la réglementation, que votre arrivée soit autorisée par l'autorité compétente du MESR.

Profil recherché

Competences :
- Connaissances approfondies en bioinformatique avec expérience préalable dans l’analyse de données de séquençage Illumina® -16S (Miseq). Connaissance de DADA2 package, vegan R package appréciée
- Maitrise des analyses statistiques (uni-multivariées) sous R ou logiciels équivalents (Python)
- Maîtrise de langage de programmation (Script Shell linux, bash…)
- Connaissances théoriques en génomique microbienne environnementale (bases de données RefSeq, Greengenes…)
- Aptitudes à la rédaction d’articles scientifiques
- Maitrise des logiciels du Pack Office
- Niveau avancé en anglais scientifique écrit et oral (Cadre Européen Commun de Référence pour les Langues : B2-C1).
- Goût et volonté de s’impliquer et d’interagir avec l’équipe et dans le projet
- Rigueur scientifique et aptitudes organisationnelles seront appréciées
- Autonomie et dynamisme dans le travail.
Contraintes et risques :
Salaire : selon expérience et diplôme (Master 2 en écologie, bio-informatique…)

Contrainte : Laboratoire en ZRR, avis FSD obligatoire poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST), et nécessite donc, conformément à la réglementation, que votre arrivée soit autorisée par l'autorité compétente du MESR.

Niveau d'études minimum requis

  • Niveau Niveau 7 Master/diplômes équivalents
  • Spécialisation Sciences naturelles (biologie-géologie)

Langues

  • Français Seuil

Qui sommes-nous ?

Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation.

C’est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 33 000 femmes et hommes (dont plus de 16 000 chercheurs et plus de 16 000 ingénieurs et techniciens), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines.

En savoir plus sur l'employeur

À propos de l'offre

  • Information complémentaires :
    Possibilité de restauration sur place + remboursement partiel des frais de transport en commun. Accès aux infrastructures sportives et culturelles de l'Ecole Centrale de Lyon et de la Délégation Rhône-Auvergne du CNRS

  • Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

  • Vacant

  • Experte / Expert en expérimentation, instrumentation et techniques biologiques

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