Biologiste en traitement des données génomiques (F/H)

Vous contribuerez aux projets de recherche de l’unité et vous assurerez la formation des biologistes dans l’utilisation de pipelines.
Vous serez en charge de :
- Mettre au point, utiliser et faire évoluer des pipelines de traitement de jeux de données en lien étroit avec les scientifiques ;
- Assurer la veille sur les nouveaux outils, et les intégrer dans les pipelines ;
- Documenter ces pipelines et les rendre facilement utilisables par les biologistes indépendamment du cluster de calculs qu’ils utilisent. Inclure dans les pipelines des sorties de type "contrôle qualité” (statistiques descriptives) permettant la traçabilité et la reproductibilité des analyses (FAIR). Vous devrez donc maîtriser au moins un gestionnaire de workflow (e.g. nextflow) et un outil de contrôle de version (e.g. git) ;
- Écrire des scripts permettant la mise en forme des données et la conversion de formats de fichier. Vous devrez donc maîtriser au moins un langage de programmation (python, java) ;
- Utiliser un cluster de calculs. Vous devrez donc maîtriser au moins un gestionnaire de jobs (SGE ou SLURM) et maitriser linux et bash ;
- Former et accompagner les biologistes à l’utilisation des pipelines Vous interagirez avec le responsable de la plateforme de génotypage pour accélérer la mise au point de nouveaux protocoles (retours rapides sur les données produites et “contrôle qualité” lors de la livraison des données).
De par votre travail de mise en forme et de pré-traitement des données, vous ferez le lien entre la plateforme de génotypage produisant ces données et les scientifiques qui les analyseront pour répondre à leurs questions, chaînon manquant aujourd'hui dans l’équipe. Pour remplir vos missions, vous pourrez vous appuyer sur la dynamique de la communauté bio-informatique locale, notamment via le plateau bio informatique de l’unité, la plateforme South Green, les réunions bio-informatiques mensuelles ARCAD, et le réseau MBI (ingénieurs bio informatique de Montpellier). Vous produirez ainsi des outils qui pourront être partagés et utilisés plus largement, et contribuerez ainsi au développement bio informatique de l’unité.