CDD Ingénieur IE en bioinformatique H/F

Missions :
Le CDD ingénieur d’étude sera associé à un projet qui vise à étudier, en interaction étroite avec des équipes de biologie expérimentale, les rôles et l’entrecroisement des systèmes de défense basés sur l’ANR dans les interactions entre la bactérie pathogène Clostridioides difficile et les phages.
L’agent aura pour première mission de réaliser la modélisation des interactions protéine-ARN (et protéine-protéine) pertinentes dans le cadre de ce projet. Cette mission impliquera en particulier l’analyse des outils de prédiction disponibles par une veille technologique et bibliographique, et la cartographie des données génomiques et leur croisement afin d’enrichir l’information évolutive utilisée par ces outils. L’agent évaluera les méthodes disponibles sur des cas tests afin de définir les protocoles de modélisation les mieux adaptés au projet. Les méthodes identifiées seront utilisées pour générer et analyser des modèles structuraux, à partir desquels des propositions d’expériences seront faites aux partenaires du projet. Les approches à utiliser ainsi que le plan d’étude et la structure des bases de données attendues seront définis à l’avance au sein de l’équipe.
L’agent aura également pour mission d’assister l’équipe pour la mise en forme et le stockage de ces données de modélisation, la maintenance des bases de données associées, l’adaptation des programmes informatiques nécessaires au déroulement du projet, et la diffusion et la valorisation des résultats obtenus sous la forme de code partagé, de bases de données ouvertes et de ressources (de type serveur web) disponibles sur internet pour la communauté. Les modèles mathématiques, les programmes informatiques à utiliser et la structure des outils seront définis à l’avance au sein de l’équipe.

Activités :
- Mettre en place et optimiser les procédures de recueil des données
- Réaliser le traitement des données
- Organiser la mise en forme, le stockage des données
- Assurer la maintenance des bases de données créées
- Diffuser et valoriser des résultats sous forme de rapports techniques
- Adapter les applications informatiques aux besoins du projet
- Gérer et maintenir des outils informatiques partagés
- Conseiller et former aux techniques et outils développés
- Appliquer les règles en vigueur de la déontologie, l'éthique, les bonnes pratiques de programmation et de gestion des données
- Assurer une veille scientifique et technologique dans son domaine d'activité

Contexte de travail :
L'ingénieur d'étude sera affecté dans l'équipe « Assemblage moléculaire et intégrité du génome » de l'Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (UMR 9198 I2BC, CNRS/CEA/Université Paris-Saclay).
L'I2BC est un institut de recherche de l'Université Paris-Saclay, constitué de 59 équipes. La recherche à l'I2BC couvre une variété de thématiques de biologie intégrative (biophysique, biochimie, biologie structurale, biologie des génomes, biologie cellula
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