Chercheur doctorant (H/F) - Intégration multi-omique par intelligence artificielle

Référence : UMR7272-LOUNOT-003

  • Fonction publique : Fonction publique de l'État
  • Employeur : Centre national de la recherche scientifique (CNRS)
  • Localisation : 06108 NICE (France)
Domaine : Recherche
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  • Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
  • Nature du contrat Non renseigné
  • Expérience souhaitée Non renseigné
  • Rémunération (fourchette indicative pour les contractuels) La rémunération est d'un minimum de 2200,00 € mensuel € brut/an
  • Catégorie Catégorie A (cadre)
  • Management Non renseigné
  • Télétravail possible Non renseigné

Vos missions en quelques mots

Sujet de thèse :
TITRE

Intégration multi-omique par intelligence artificielle : concevoir et évaluer un système agentique linguistique utilisant des graphes de connaissances pour l’exploration moléculaire

DESCRIPTION

Dans le cadre du consortium franco-suisse MetaboLinkAI (ANR-24-CE93-0012-01, https://www.metabolinkai.net), en partenariat avec l’Institut Interdisciplinaire d’Intelligence Artificielle (3IA) de la Côte d’Azur et grâce au financement de la Mission pour les initiatives transverses et interdisciplinaires (MITI CNRS), cette thèse vise à développer de nouvelles approches pour l’analyse multi-omique via l’intelligence artificielle. Le chercheur doctorant (H/F) aura pour mission de concevoir un système agentique linguistique innovant, interagissant sur des graphes de connaissances, capable d’intégrer et de structurer de manière dynamique des données complexes issues d’analyses omiques. En adoptant une démarche de science ouverte et collaborative, ce projet ambitionne de concevoir et évaluer un cadre méthodologique et logiciel pour l’exploration moléculaire, destiné à déchiffrer les interactions subtiles entre métabolites et expression génique. L’objectif ultime est d’enrichir notre compréhension des mécanismes du métabolisme et de ses fonctions, notamment dans le contexte de l’adaptation environnementale, en utilisant l’anémone de mer comme modèle biologique d’holobionte.

OBJECTIFS DE LA THÈSE

Le chercheur doctorant (H/F) aura pour missions de :
1. Conception d’un Cadre de Graph de Connaissance pour l’Intégration Multi-Omique
Le chercheur doctorant (H/F) concevra et validera des méthodes robustes pour transformer et enrichir des données expérimentales issues d’analyses omiques en graphes de connaissances interrogeables. Ce travail reposera sur des standards sémantiques (RDF, OWL, SPARQL, SHACL) et intégrera des techniques d’annotation automatique et de validation des métadonnées, garantissant ainsi l’exactitude et la complétude des informations. L’objectif sera de structurer ces données de manière évolutive pour faciliter leur interrogation via des agents linguistiques. Par ailleurs, le chercheur doctorant (H/F) intégrera des approches permettant d’interconnecter ces graphes avec des données issues de la littérature, afin d’enrichir et de contextualiser l’ensemble des connaissances multi-omiques.
2. Conception et Évaluation d’un Système d’Agents Linguistiques
S’appuyant sur les avancées du consortium MetaboLinkAI, le chercheur doctorant (H/F) développera une architecture d’agents linguistiques destinés à interroger des informations présentes dans le graph de connaissances. Ces agents interagiront de manière fluide avec la base de connaissances pour assurer l’accès aux données intégrées et leur mise à jour continue, en s’appuyant sur des modèles de langage avancés et des outils computationnels. Cette approche centralisera le traitement de bout en bout, transformant la donnée expéri
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Profil recherché

Contraintes et risques :
La réussite du projet dépendra d’une gestion rigoureuse du code source et d’une contribution collaborative, garantissant ainsi la transparence et la pérennité des développements réalisés en logiciel libre. Le chercheur doctorant (H/F) devra s’adapter à un environnement de recherche international et interdisciplinaire, où la coordination entre les différents partenaires et les échanges avec des équipes issues de cultures scientifiques diverses sont essentiels. Par ailleurs, il sera impératif de respecter les délais et de se conformer aux standards scientifiques et techniques imposés par le consortium MetaboLinkAI et la MITI CNRS, afin d’assurer la qualité et la pertinence des livrables tout au long de la thèse.

Niveau d'études minimum requis

  • Niveau Niveau 7 Master/diplômes équivalents
  • Spécialisation Formations générales

Langues

  • Français Seuil

Qui sommes-nous ?

Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation.

C’est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 33 000 femmes et hommes (dont plus de 16 000 chercheurs et plus de 16 000 ingénieurs et techniciens), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines.

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À propos de l'offre

  • Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

  • Vacant

  • Chercheuse / Chercheur

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