Chercheur en génomique de la levure (H/F)

Missions :
La mission principale consistera à étudier et quantifier l’effet des interactions microbiennes sur le phénotype et le fitness de Saccharomyces en environnement contrôlé. Plus précisément, le chercheur sera chargé de quantifier les effets des interactions inter-espèces sur la valeur adaptative et le cycle de vie des levures, telles que la croissance clonale, la viabilité, la sporulation ou la reproduction sexuée, entre autre. À cette fin, le candidat sera en charge de construire et maintenir des consortiums microbiens synthétiques de divers partenaires microbiens. La conception d’ expériences de co-culture à long terme permettra évaluer l'adaptation réciproque et la contrainte évolutive.
Une part importante du travail portera sur la mise en place et la gestion d’une plateforme « microbiome » innovante. Le chercheur sera spécifiquement en charge de développer des outils et des protocoles expérimentaux, y compris des rapporteurs fluorescents et des constructions génétiques, pour suivre en temps réel les variations phénotypiques de la levure. Le scientifique mettra au point la microscopie à intervalle de temps, la cytométrie en flux et le tri cellulaire (FACS), et la microfluidique pour étudier les interactions microbiennes à l'échelle de la population et de la cellule unique.
Au-delà de la dimension expérimentale, le chercheur aura un rôle clé dans la formation des membres de l'équipe à l'utilisation de ces technologies et à la standardisation des protocoles qui en découlent contribuant ainsi à la capitalisation des savoirs et à la montée en compétences de l’équipe. La participation active aux réunions de laboratoire, à l'analyse des données et aux échanges collaboratifs avec des partenaires externes en écologie microbienne assureront l'intégration d'expertises complémentaires.
Activités :
Le projet s'articule autour de quatre objectifs interdépendants.
1) Caractériser la variabilité des communautés microbiennes associées à Saccharomyces (SMIC) dans différents environnements, et analyser leur rôle dans la structuration de la diversité génomique intra- et inter- espèce ;
2) Étudier expérimentalement les interactions intercellulaires au sein des SMIC, en utilisant des communautés microbiennes reconstituées en conditions contrôlées ;
3) Évaluer l’impact d’interactions intracellulaires sur les génomes des levures, notamment les flux de gènes entre espèces et les phénomènes de co-infection levure–bactérie ;
4) Identifier les variants génétiques présents dans les populations naturelles de Saccharomyces qui sous-tendent et modulent ces interactions avec les communautés microbiennes.
Le CDD se concentrera principalement sur les objectifs 2 et 3, qui impliquent (i) la caractérisation des interactions microbiennes dans des environnements de laboratoire contrôlés, et (ii) l'établissement d'une communauté microbienne pour étudier les interactions d'ordre supérieur et les dynamiques co-évolutives
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