Chercheur post-doctoral en bactériologie F/H

Description du contexte scientifique
L’émergence et la diffusion de la résistance aux antibiotiques sont largement liées à la présence d’éléments génétiques mobiles (EGM) responsables de transferts horizontaux de gènes entre les pathogènes de l'environnement, animaux et humains. A côté d’EGM bien connus comme les plasmides, d’autres EGM comme les ICEs (Integrative and Conjugative Elements) jouent un rôle important dans la dissémination de gènes de résistance aux antibiotiques. Ces ICEs sont retrouvés dans des organismes très variés comme Pseudomonas aeruginosa3 et les mycoplasmes.
Les mycoplasmes sont des bactéries responsables de pathologies aussi bien humaines qu’animales. Plus spécifiquement, Mycoplasma hominis est une bactérie humaine habituellement commensale des voies génitales basses mais peut être responsable d’infections génitales, d’infections néonatales et d’infections extra-génitales notamment chez les immunodéprimés. P. aeruginosa est un bacille à Gram négatif (BGN) de l’environnement, pathogène opportuniste de l’homme, très répandu en milieux aquatiques, et classé prioritaire par l'OMS en raison de sa capacité à développer facilement des résistances conduisant au risque d’infections difficiles à traiter.

Les ICEs sont des éléments génétiques mobiles possédant une organisation modulaire. Des ICEs atypiques ont récemment été découverts in silico chez 45% des souches de l’espèce M. hominis. Ces ICEs d’environ 30 kpb sont intégrés au chromosome bactérien et sont composés d’environ 25 régions codantes (CDS). Des études préalables ont montré que ces ICEs sont capables de s’exciser du chromosome bactérien et de se circulariser mais la conjugaison bactérienne n’a pas été démontrée à ce jour chez M. hominis malgré des premiers essais de conjugaison. Néanmoins, une telle conjugaison a déjà été démontrée chez une espèce animale phylogénétiquement proche, Mycoplasma agalactiae.
Chez P. aeruginosa, il a été décrit trois familles d’ICEs selon le type d’intégrase, le site d’intégration et le type de module de conjugaison : pKLC102-like, ICEclc et Tn4371. Récemment, il a été mis en évidence que les gènes codant pour les carbapénémases, mécanisme de résistance à l’origine d’infections difficiles à traiter, étaient fréquemment retrouvés sur des ICEs chez P. aeruginosa. Ces ICEs ont été prédits par bio-informatique grâce au séquençage du génome entier mais leur transfert a rarement été démontré. Au laboratoire, le transfert de l’ICE ICEPa6523 porteur du gène blaIMP-13, appartenant à la famille ICEclc, a pu être confirmé expérimentalement avec un taux de conjugaison très faible (10-8/donneuses).

Les objectifs
·       Déterminer si les ICEs de M. hominis sont capables de transfert conjugatif de gènes de résistance aux antibiotiques
·       Chez P. aeruginosa, déterminer les facteurs permettant de réguler et d’augmenter le taux de conjugaison de l’ICEPa6523