Doctorant en bioinformatique du cancer (H/F)

Sujet de thèse :
Les approches de transcriptomique spatiale offrent aujourd’hui une vision sans précédent de l’organisation des cellules au sein de leur environnement tissulaire. Elles permettent notamment d’identifier des niches cellulaires ou « éco-types » jouant un rôle majeur dans la dynamique tumorale et dans les interactions avec le microenvironnement. Malgré ces avancées, plusieurs défis méthodologiques subsistent : la définition même d’une niche ou d’un voisinage multicellulaire reste floue, l’extraction de ses caractéristiques pertinentes à partir des données géniques demeure complexe, et les études disponibles pour valider les méthodes restent limitées. Les applications cliniques de ces approches en oncologie ne sont par ailleurs qu’à leur début.

Cette thèse vise à caractériser les niches cellulaires associées à différents sous-types de cellules tumorales dans l’adénocarcinome pancréatique (notamment les phénotypes basal et classique), à partir de données de transcriptomique spatiale en vrac issues du projet ITMO Cancer ACACIA et de données publiques.
Contexte :
Le Laboratoire d’Informatique de Grenoble (LIG) est un laboratoire d’envergure, dont les partenaires académiques sont : l’Université Grenoble Alpes, Grenoble INP - UGA, le CNRS et Inria. Le LIG rassemble près de 500 chercheurs, enseignants-chercheurs, doctorants et personnels en support à la recherche. Ils relèvent des différents organismes et sont répartis sur trois sites du LIG : le campus, Minatec et Montbonnot. L’ambition est de s’appuyer sur la complémentarité et la qualité reconnue des 22 équipes de recherche du LIG pour contribuer au développement des aspects fondamentaux de l'informatique (modèles, langages, méthodes, algorithmes) et pour développer une synergie entre les défis conceptuels, technologiques et sociétaux associés à cette discipline.