Doctorant en bioinformatique (H/F)

Référence : UMR7284-GIALIT-016

  • Fonction publique : Fonction publique de l'État
  • Employeur : Centre national de la recherche scientifique (CNRS)
  • Localisation : 06000 NICE (France)
Domaine : Recherche
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  • Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
  • Nature du contrat Non renseigné
  • Expérience souhaitée Non renseigné
  • Rémunération (fourchette indicative pour les contractuels) La rémunération brute mensuelle est de 2135,00 € € brut/an
  • Catégorie Catégorie A (cadre)
  • Management Non renseigné
  • Télétravail possible Non renseigné

Vos missions en quelques mots

Sujet de thèse :
Missions
Le doctorant contribuera à l'analyse bioinformatique des génomes de Saccharomyces et des communautés microbiennes associées. Ceci inclut à la fois la génomique des populations et l'analyse métagénomique.
Activités
- Appliquer et développer des pipelines informatiques pour l'analyse du génome de la levure et du métagénome.
- Analyser des ensembles de données génomiques à grande échelle pour tous les types de variations génomiques (SNP, CNV, SV, etc.).
- Analyse des variations génomiques et prédiction de leur impact fonctionnel
- Analyse de la composition de la communauté microbienne à partir d'échantillons environnementaux en utilisant le séquençage à lecture longue et le métabarcoding.

Compétences attendues
Le poste est ouvert aux personnes intéressées par les analyses génomiques. Une expérience préalable en bioinformatique, statistiques, programmation et de solides connaissances en biologie informatique sont essentielles. Il est attendu du candidat qu'il développe des pipelines avancés et qu'il soit capable d'analyser des ensembles de données à grande échelle.
Connaissances :
- Connaissance approfondie de la génétique de la levure et de l'analyse du génome.
- Connaissance approfondie de la programmation informatique (R, Unix, Python, HTML).
- Connaissance approfondie de l'analyse statistique.
- Collecte, analyse et traitement des données (connaissances approfondies).
- Connaissance de la microbiologie et de la biologie moléculaire
- Langue anglaise : B1 à B2 (Cadre européen commun de référence pour les langues)

Compétences opérationnelles :
- Traiter des données génomiques de grande taille
- contribuer à la maintenance des infrastructures bioinformatiques de l'équipe
- Contribuer à la vie scientifique de l'équipe et à l'interaction étroite avec les autres membres.
- Rendre compte de son activité au chef d'équipe
- présenter des données lors de réunions de laboratoire
- Rédiger des articles scientifiques et participer à des demandes de subventions
Contexte :
Le doctorant sera affecté à l'équipe du Dr Gianni LITI « Génomique des populations et traits complexes ». L'équipe est l'une des équipes fondatrices de l'IRCAN et est située à la Faculté de Médecine de Nice. L'équipe dispose de tout l'équipement nécessaire pour les expériences de génétique et de génomique de la levure et a accès à des installations de pointe pour la microscopie, la cytométrie et la génomique, ainsi qu'à des serveurs de calcul et de stockage.

Profil recherché

Contraintes et risques :
Ce poste est purement bioinformatique et nécessite l'utilisation à plein temps d'un ordinateur, avec les risques que cela comporte.

Niveau d'études minimum requis

  • Niveau Niveau 8 Doctorat/diplômes équivalents
  • Spécialisation Formations générales

Langues

  • Français Seuil

Qui sommes-nous ?

Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation.

C’est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 33 000 femmes et hommes (dont plus de 16 000 chercheurs et plus de 16 000 ingénieurs et techniciens), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines.

En savoir plus sur l'employeur

À propos de l'offre

  • Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

  • Vacant

  • Chercheuse / Chercheur

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