Doctorant en chimie analytique (H/F)

Sujet de thèse :
Développement d’approches de spectrométrie de masse structurale pour la caractérisation des interactions protéine.
La thèse sera rattachée à l'Ecole Doctorale des Sciences Chimiques de l'Université de Strasbourg (ED222).
Objectifs de la thèse : L’objectif de cette thèse sera de développer des méthodes de spectrométrie de masse structurale, principalement basées sur la spectrométrie de masse native (nMS) et le cross-linking (XL-MS), pour la caractérisation des complexes protéine/ARN et protéine/ADN.

Les approches de spectrométrie de masse structurale (MS) se sont imposées comme des techniques clés pour la caractérisation in vitro des complexes protéine/ADN ou protéine/ARN. La spectrométrie de masse native permet la mesure de la masse d’assemblages non covalents intacts, offrant une détermination rapide et précise des stœchiométries. L’échange hydrogène/deutérium couplé à la MS (HDX-MS) révèle les régions protéiques affectées par la liaison aux acides nucléiques, mais ne fournit pas d’informations sur l’ADN ou l’ARN. Enfin, les approches de spectrométrie de masse couplées au cross-linking (XL-MS) apparaissent comme les méthodes les plus puissantes pour obtenir des informations à la fois sur la protéine et l’acide nucléique. Cependant, bien que le XL-MS ait gagné en maturité et popularité dans l’étude des interactions protéine/protéine, il reste encore peu utilisé pour caractériser les complexes protéine/ADN ou protéine/ARN, principalement en raison de la complexité des workflows analytiques et bioinformatiques.
Le projet NAProtXLMS vise à :
1) Synthétiser de nouveaux réactifs de cross-linking chimiques, basés sur le repositionnement de médicaments utilisés en thérapie, en sondes multifonctionnelles de cross-linking, et les comparer à la méthode de référence UV-XL.
2) Développer des workflows analytiques protéomiques sensibles et robustes basés sur la MS, pour le cross-linking chimique protéine/ADN et protéine/ARN, en mettant au point de nouvelles méthodes LC-MS/MS pour améliorer l’enrichissement, la séparation et l’identification des conjugués Peptide-Oligo in vitro et in vivo.
3) Évaluer les nouveaux workflows XL-MS non seulement sur des échantillons commerciaux de référence, mais aussi sur deux systèmes modèles bien caractérisés (récepteurs nucléaires/ADN et ribonucléoprotéines/ARN), afin d’obtenir une caractérisation plus exhaustive et complète de leur rôle dans les processus biologiques.
L’objectif de cette thèse sera donc de développer de nouvelles approches XL-MS pour la caractérisation des complexes protéine/acides nucléiques. En collaboration avec des chimistes, de nouveaux réactifs chimiques de cross-linking pour les complexes protéine/acide nucléique seront développés et évalués. Toutes les étapes du workflow XL-MS — incluant la réaction de pontage chimique, les digestions enzymatiques, les méthodes MS et le traitement des données pour l’identification des cross-links pe
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