Doctorant en microbiologie évolutive, paléomicrobiologie et biogéochimie H/F

Sujet de thèse :
"Microbiologie évolutive, paléomicrobiologie et biogéochimie".

Nous recherchons un·e doctorant·e hautement motivé·e pour :
1. Élucider les liens entre l’usage des métaux lourds et la résistance aux antibiotiques grâce à l’analyse métagénomique d’ADN environnemental ancien et moderne (carottes sédimentaires), en se concentrant sur :
• La détection et l’annotation des ARGs, HMRGs et éléments génétiques mobiles (MGEs).
• Le profilage taxonomique et l’étude des associations fonctionnelles entre gènes.
• L’analyse des séries temporelles de la dynamique des gènes de résistance.
2. Explorer l’histoire évolutive des gènes de résistance
• Analyses de séquences et phylogénies en lien avec l’exposition et le temps.
3. Identifier les facteurs qui déterminent la propagation de la résistance aux antibiotiques
• Appliquer des modèles de séries temporelles pour relier les épisodes historiques de pollution à l’émergence des ARGs.
• Identifier les configurations génétiques « à haut risque » encore présentes aujourd’hui.

Nous recherchons un·e candidat·e hautement motivé·e titulaire d’un Master en biologie moléculaire, bioinformatique, écologie microbienne, génomique environnementale ou dans un domaine connexe. Une formation combinant biologie moléculaire en laboratoire et compétences computationnelles serait idéale, mais les candidat·es disposant d’un solide profil dans l’un des deux domaines et désireux·ses de développer l’autre sont également encouragé·es à postuler. Le·la candidat·e devra être capable de s’intégrer dans des équipes multiculturelles, avoir un goût prononcé pour l’analyse de données, être autonome et savoir prendre des initiatives.

Compétences attendues :

• Expertise en biologie moléculaire : extraction d’ADN, protocoles métagénomiques et analyses de données associées (annotations taxonomiques et fonctionnelles).
• Maîtrise en bioinformatique : capacité à utiliser et développer du code en R, Python ou outils similaires.
• Bonne compréhension de l’écologie microbienne et de ses applications dans les cycles biogéochimiques.
• Compétences en communication : excellente maîtrise de l’anglais oral et écrit.


Contexte :
Les cycles biogéochimiques globaux, régulés par l’activité microbienne, sont essentiels à la santé de la planète. Les activités humaines — exploitation minière, processus industriels et usage d’antibiotiques — ont profondément modifié ces cycles, entraînant une pollution généralisée ainsi que l’émergence de gènes de résistance aux métaux lourds (HMRGs) et de gènes de résistance aux antibiotiques (ARGs). Ces mécanismes de résistance, souvent associés sur des éléments génétiques mobiles, menacent les écosystèmes et la santé humaine. Sans action, la résistance antimicrobienne pourrait causer jusqu’à 10 millions de décès par an d’ici 2050.

Ce projet, financé par l’ERC Paleo-MARE, s’appuie sur des archives paléoécologiques (ADN sédimentaire) pour étudier sur le long t
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