Doctorant (H/F):Décrypter l’interaction entre les éléments transposables et les génomes hôtes au cours

Sujet de thèse :
Les éléments transposables (TE) sont définis comme des séquences d’ADN génomique mobiles et sont ubiquistes chez tous les organismes vivants étudiés à ce jour. Ces éléments peuvent constituer des proportions variables du génome de l’organisme. Au cours de longues périodes évolutives, des interactions spécifiques entre les hôtes et les TE ont été sélectionnées afin de faciliter leur coexistence, évitant ainsi l’extinction de l’hôte et/ou du TE. Dans la lignée germinale, l’hôte a développé des voies spécifiques pour réguler l’expression des TE, garantissant que leur transposition reste compatible avec la préservation de l’intégrité du génome, intégrité qui sera transmise à la génération suivante. Au laboratoire, notre objectif est de décrypter les mécanismes employés par les familles de TE pour coloniser le génome.

Pour explorer ces mécanismes, nous avons activé des éléments transposables (TE) et identifié les différentes stratégies qu’ils utilisent pour augmenter leur nombre de copies sans compromettre l’intégrité de la lignée germinale. Pour ce faire, nous avons développé une lignée de Drosophila melanogaster permettant d’induire la mobilité de différentes familles de TE et de déterminer leurs sites d’intégration grâce au pipeline que nous avons établi au laboratoire (TrEMOLO). Afin d’augmenter le nombre de copies de TE dans le génome, nous avons appliqué notre méthode sur plusieurs générations. Nous avons démontré que cinq familles de TE appartenant au groupe des rétrovirus endogènes présentent un choix dynamique de leurs sites d’intégration. Notamment, pour deux d’entre elles (ZAM et gtwin), nous avons montré qu’elles possèdent un profil d’expression et des sites d’intégration spécifiques, limitant ainsi la compétition au sein du génome hôte. De plus, nous avons établi que leur calendrier d’intégration varie au cours de l’embryogenèse.

Le doctorant travaillera à identifier et caractériser les protéines hôtes qui ont coévolué avec les génomes parasites afin d’assurer leur coexistence stable.

Décrypter la diversité des interactions hôte–TE qui permettent cette coexistence constitue un domaine de recherche central, offrant des éclairages précieux sur la biologie à la fois de l’hôte et du parasite génomique que représentent les TE.


Contexte :
L'étudiant en thèse travaillera sur un projet basé sur un modèle vivant. Par conséquent, les horaires de travail seront adaptés aux exigences biologiques et aux étapes de développement de l'organisme modèle. L'environnement scientifique de l'Institut de Génétique Humaine est exceptionnel, offrant un accès à des plateformes technologiques et à des services de pointe.
L'IGH est situé sur le campus Arnaud de Villeneuve, partie prenante du programme Objectif Employeur Pro-Vélo.