Doctorat H/F
Référence : 2024-1657103
- Fonction publique : Fonction publique de l'État
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Employeur :
INRAE Centre Pays de la Loire
Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (INRAE) - Localisation : NANTES
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- Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
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Nature du contrat
CDD de 3 ans
- Expérience souhaitée Non renseigné
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Rémunération (fourchette indicative pour les contractuels) 2100€/mois € brut/an
- Catégorie Catégorie A (cadre)
- Management Non renseigné
- Télétravail possible Non renseigné
Vos missions en quelques mots
Description du sujet :
Campylobacter est la principale cause de zoonoses dans l'Union européenne depuis dix ans, causant des symptômes gastro-intestinaux et parfois des complications graves comme les syndromes de Guillain-Barré. Bien que Campylobacter jejuni ne puisse se multiplier en présence d'oxygène ou à des températures inférieures à 30°C, il survit à divers stress environnementaux rencontrés lors de la transformation des denrées alimentaires. Les nouvelles méthodes de séquençage du génome offrent des opportunités pour mieux comprendre la variabilité du comportement des souches de Campylobacter et identifier des marqueurs génétiques. Ces avancées pourraient améliorer les modèles d’AQRM et permettre une identification plus précise des souches à risque, aidant à développer des interventions ciblées pour contrôler la contamination des aliments. La thèse portera sur la mise en évidence des marqueurs génétiques associés à la capacité de ce pathogène à persister dans un environnement industriel. Ce travail s’effectuera à partir d’une collection de souches isolées d’environnements industriels et dont le génome est déjà séquencé. La thèse, d’une durée de 3 ans, débutera en novembre 2024 et se terminera en octobre 2027.
La thèse sera articulée autour de 3 axes :
Axe 1 : Design expérimental : sélection des stress pertinents à investiguer
L’objectif principal de cet axe sera d’étudier la bibliographie en vue d’identifier les phénotypes/stress pertinents à sélectionner au regard du procédé de transformation de la denrée, afin de discriminer les souches de Campylobacter jejuni. Ces conditions seront ensuite appliquées dans l’axe 2.
Axe 2 : Réponse phénotypique de Campylobacter au(x) stress lié(s) au procédé de transformation des volailles
L’objectif de cet axe vise à (i) mettre au point des protocoles permettant de caractériser la réponse phénotypique au(x) stress sélectionné(s) et (ii) de quantifier la réponse au stress d’une centaine de souches de Campylobacter jejuni. L’objectif est d’identifier des groupes distincts à l’aide d’une méthode de clustering en lien avec les métadonnées, l’origine des souches (cliniques ou abattoir) les génotypes, etc.
Axe 3 : Etude d'association pangénomique pour mettre en évidence des marqueurs génétiques liés à la réponse au stress (en anglais, genome-wide association study, GWAS)
L’objectif de cet axe est d’utiliser l’approche GWAS pour analyser les variations génétiques chez les souches de C. jejuni testées afin d'étudier leurs corrélations avec les traits phénotypiques mis en évidence dans l’Axe 2. Cela conduira à la mise en évidence de marqueurs génétiques liés à la réponse au stress chez ce pathogène. Ce travail s’effectuera en interaction avec le Laboratoire de référence de l'Union européenne pour Campylobacter situé au Swedish Veterinary Agency, en Suède.
Profil recherché
Ecole doctorale VAAME
Profil du candidat
Prérequis : Le/la candidat(e) motivé(e) aura un Master 2 Recherche ou équivalent en microbiologie des aliments et devra s’inscrire à école doctorale n° 642 VAAME à Oniris VetAgroBio (Nantes).
Connaissances et compétences souhaitées : adaptabilité rapide et autonomie, savoir travailler en groupe, sens de l’écoute et du partage des tâches, analyses usuelles de microbiologie des aliments, biologie moléculaire, notions de bio-informatique et génomique environnementale, maitrise de l’anglais, capacités rédactionnelles et organisationnelles. Le/la candidat·e sera devra travailler en laboratoire de niveau de sécurité biologique de classe 2.
Niveau d'études minimum requis
- Niveau Niveau 7 Master/diplômes équivalents
Éléments de candidature
Documents à transmettre
Personnes à contacter
- Nabila.Haddad@inrae.fr
- Sandrine.Guillou@inrae.fr
Qui sommes-nous ?
L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.
Descriptif du service
UMR SecAlim
L’UMR SecAlim est sous la tutelle d’Oniris VetAgroBIo et d’INRAE. Les missions de l’unité sont de produire et diffuser des connaissances et des méthodes scientifiques dans le domaine de la sécurité microbiologique des aliments pour répondre aux enjeux industriels et aux demandes sociétales de santé publique et de maîtrise des pertes alimentaires. Ses actions de recherche visent à caractériser et maîtriser le risque microbien (sanitaire et d’altération) dans les produits alimentaires. Des méthodes moléculaires, de microbiologie classique et prévisionnelle sont utilisées pour comprendre, quantifier et modéliser le comportement des microorganismes au cours de la transformation des aliments, à l’échelle de l’écosystème microbien ou à l’échelle d’espèces bactériennes modèles. Une meilleure évaluation du risque microbiologique permet d’apporter des solutions expertes et innovantes pour assurer la sécurité microbiologique des aliments.
À propos de l'offre
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Eléments à fournir pour la candidature Il sera indispensable de fournir pour tout dépôt de candidature :
- un CV complet et détaillé, en particulier sur le niveau d’expérience des prérequis demandés
- lettre de motivation
- recommandations ou coordonnées de personne(s) à contacter pour recommandation
- certificat de réussite de Master ou résultats du Master en cours (si Master effectué pour l’année universitaire 2023-2024)
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Susceptible d'être vacant à partir du 01/10/2024
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Chercheuse / Chercheur
