H/F Approches phylodynamiques pour maîtriser la propagation du VIH

Référence : UMR8197-VALHER-210

  • Fonction publique : Fonction publique de l'État
  • Employeur : Centre national de la recherche scientifique (CNRS)
  • Localisation : 75230 PARIS 05 (France)
Domaine : Recherche
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  • Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
  • Nature du contrat Non renseigné
  • Expérience souhaitée Non renseigné
  • Rémunération Fourchette indicative pour les contractuels Selon expérience – Entre 3 237 € et 4 960 € € brut/an Fourchette indicative pour les fonctionnaires Non renseignée
  • Catégorie Catégorie A (cadre)
  • Management Non renseigné
  • Télétravail possible Non renseigné

Vos missions en quelques mots

Missions :
1. Créer un jeu de données de haute qualité sur le VIH à partir des séquences génomiques disponibles dans les bases de données publiques et des métadonnées associées
2. Reconstruire des arbres ou réseaux phylogénétiques correspondants à ces données (adaptant les méthodes existantes ou développant des méthodes ad-hoc)
3. Développer des approches phylogéographiques/phylodynamiques ciblant ces données

Activités :
• Développement de nouveaux modèles mathématiques
• Développement de méthodes computationnelles et leur implémentation sous forme de logiciels libres
• Rédaction scientifique
• Communication scientifique

Contexte de travail :
Le(a) ingénieur(e) rejoindra l’équipe Modelling of Pathogens de l’Institut de Biologie de l’ENS (IBENS), un institut européen de premier plan en sciences de la vie, dédié à la compréhension des mécanismes et des principes fondamentaux qui régissent les systèmes vivants, tant en santé qu’en maladie. L’IBENS est implanté au cœur de Paris. Il regroupe 30 équipes de recherche et plus de 300 personnels spécialisés en génétique et génomique, biologie du développement, neurosciences et écologie & biologie évolutive. Le(a) ingénieur(e) travaillera dans un bureau partagé avec les autres membres de l’équipe et bénéficiera d’un accès complet aux plateformes centrales de l’IBENS, y compris le cluster de calcul. Puisque l’équipe Modelling of Pathogens est une équipe jointe entre l’IBENS et l’Institut Pasteur, le(a) ingénieur(e) sera également co affilié(e) à l’Institut Pasteur et pourra profiter de son environnement scientifique stimulant (par exemple, la possibilité d’assister aux séminaires).

Profil recherché

Competences :
• Solides compétences en programmation (Python, Java ou R)
• Maîtrise de l’anglais à l’oral et à l’écrit (niveau B2)
• Expérience en développement de logiciels
• Expérience dans la mise en place de pipelines d’analyse de données à l’aide d’outils de gestion de workflow (p. ex. Snakemake, Nextflow)
• Engagement pour la recherche reproductible (git, conda, etc.)
• Connaissances des méthodes et modèles phylodynamiques et/ou phylogéographiques
• Connaissance de méthodes d’apprentissage profond

Contraintes et risques :
travail sur écran

Niveau d'études minimum requis

  • Niveau Niveau 7 Master/diplômes équivalents
  • Spécialisation Informatique, traitement de l'information, réseau de transmission des données

Langues

  • Français Seuil

Qui sommes-nous ?

Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation.

C’est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 33 000 femmes et hommes (dont plus de 16 000 chercheurs et plus de 16 000 ingénieurs et techniciens), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines.

En savoir plus sur l'employeur

À propos de l'offre

  • Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

  • Vacant

  • Experte / Expert en information statistique

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