H/F Doctorat en modélisation de la dynamique des communautés microbiennes complexes
Référence : UMR8197-VALHER-217
- Fonction publique : Fonction publique de l'État
- Employeur : Centre national de la recherche scientifique (CNRS)
- Localisation : 75230 PARIS 05 (France)
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- Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
- Nature du contrat Non renseigné
- Expérience souhaitée Non renseigné
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Rémunération Fourchette indicative pour les contractuels La rémunération est d'un minimum de 2300,00 € mensuel € brut/an Fourchette indicative pour les fonctionnaires Non renseignée
- Catégorie Catégorie A (cadre)
- Management Non renseigné
- Télétravail possible Non renseigné
Vos missions en quelques mots
Sujet de thèse :
Des paysages fonctionnels aux « espèces indicatrices » : intégrer la génomique et les données microbiologiques chronologiques pour prédire les fonctions communautaires
Contexte :
Travaux théoriques développés aux seins des groupes de Silvia De Monte (IBENS) et Daniel AMOR (LPENS et IAME-INSERM). Le/la candidat/e devra s’intégrer aux seins des deux groupes et répartissant son travail entre les deux. La partie expérimentale se développera à IAME-INSERM (campus de l’Hôpital Bichat), où le groupe de Daniel Amor a son laboratoire de microbiologie.
Analyser des données de mesures bactériologiques (densité optique, fluorescence, morphologie des colonies, métagénomique, etc.).
Conception et développement des modèles théoriques pour la dynamique des microbiennes naturelles et de laboratoire.
Simulation des communautés in silico et analyse de ses tendences dynamiques à des niveaux individuel et statistique.
Développer des techniques d’analyse pour évaluer l’impact des antibiotiques sur les communautés bactériennes.
Choisir et adapter les protocoles pour cultiver des communautés bactériennes, mesurer les taux de croissance et aussi la résistance, tolérance et persistance chez les isolats naturels impliquées dans l'expérience.
Conduire, en adaptant les conditions expérimentales, les techniques de bactériologie pour étudier la colonisation et la persistance des souches antibiorésistantes sur différentes communautés expérimentales.
Participer à la formation et l'échange de connaissances avec les étudiants et autres membres de l’équipe.
- Analyse statistique de données du microbiote après une exposition aux antibiotiques et d’autres traitements thérapeutiques
- Analyse bio-informatique à partir des données de génomique de communautés bactériennes
- Modélisation de la dynamique des communautés bactériennes en utilisant des équations différentielles ordinaires
- Réaliser les techniques de base de bactériologie (cultures mono et polymicrobiennes, mesures de taux de croissance, antibiogramme, etc.)
- Participer aux expériences in-vitro dans un modèle de communauté bactérienne exposée à l’invasion d’une ou plusieurs souches antibiorésistantes.
- Participer à l'organisation quotidienne du laboratoire
Profil recherché
Contraintes et risques :
- Risque lié aux agents biologiques
- Risque lié aux équipements de travail (matériel dangereux, sous pression, outils vibrants, Equipements de Protection Individuelle - EPI contraignants...)
- Risque lié au travail sur écran (ergonomie...)
Niveau d'études minimum requis
- Niveau Niveau 8 Doctorat/diplômes équivalents
- Spécialisation Formations générales
Langues
- Français Seuil
Qui sommes-nous ?
Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation.
C’est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 33 000 femmes et hommes (dont plus de 16 000 chercheurs et plus de 16 000 ingénieurs et techniciens), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines.
Depuis plus de 80 ans, le CNRS développe des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait du CNRS un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde.
Le partenariat qui lie le CNRS avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.
À propos de l'offre
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Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.
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Vacant
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Chercheuse / Chercheur
