H/F Ingénieur biologiste en analyse des données
Référence : UMR8187-LUIART-010
- Fonction publique : Fonction publique de l'État
- Employeur : Centre national de la recherche scientifique (CNRS)
- Localisation : 62930 WIMEREUX (France)
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- Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
- Nature du contrat Non renseigné
- Expérience souhaitée Non renseigné
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Rémunération Fourchette indicative pour les contractuels 2500 € bruts € brut/an Fourchette indicative pour les fonctionnaires Non renseignée
- Catégorie Catégorie A (cadre)
- Management Non renseigné
- Télétravail possible Non renseigné
Vos missions en quelques mots
Missions :
La personne recrutée aura pour mission de participer à la coordination du flux de données planctoniques généré par des imageurs et cytomètres automatisés, depuis l’acquisition jusqu’à leur bancarisation dans les plateformes européennes dédiées. La Elle contribuera également au développement et à l’opérationnalisation de Démonstrateurs de Cas d’Usages (Demonstrator Use Cases – DUC) du projet Européen Horizons DTO-BioFlow, permettant de démontrer l’intérêt d’un flux de données harmonisé au sein du Jumeau Numérique de l'Océan (Digital Twin of the Ocean - DTO).
Activités :
• Participer à la structuration de flux complets de données, conversion des fichiers bruts, extraction d’images, harmonisation, classification, contrôle qualité et intégration dans les plateformes et/ou bases de données (EcoTaxa, EMODnet).
• Assurer la qualité, la traçabilité et la cohérence des données en appliquant les standards et vocabulaires contrôlés utilisés par les infrastructures européennes.
• Contribuer à l’amélioration des protocoles et outils de traitement, en collaboration avec les partenaires scientifiques et techniques du projet.
• Participer à l’analyse automatisée des images planctoniques (méthodes de classification supervisées, extraction de signaux).
• Réaliser une veille scientifique sur les méthodes d’imagerie, d’automatisation et d’intégration de données.
• Contribuer à la rédaction de rapports techniques, protocoles, synthèses destinés au consortium DTO-BioFlow.
• Développer, tester et documenter les scripts et outils facilitant le traitement et la mise en forme des jeux de données.
• Participer à la mise en œuvre des Démonstrateurs de Cas d’Usage, en mobilisant les données harmonisées pour l’analyse et l’évaluation des services scientifiques du DTO.
• Identifier les besoins et contraintes liés aux DUC et proposer des évolutions du flux de données pour y répondre.
Contexte de travail :
Le CDD s’inscrit dans le cadre du projet européen DTO-BioFlow, qui contribue au développement de la composante biodiversité du Digital Twin Ocean (DTO) visant à intégrer, harmoniser et valoriser les données de biodiversité marine à l’échelle européenne.
La personne recrutée travaillera en étroite collaboration étroite avec les partenaires impliqués dans :
• le WP3.2, dédié à la construction du flux de données issu des réseaux d’observation planctoniques,
• le WP4, consacré au développement et à l’évaluation des Démonstrateurs de Cas d’Usage.
Le poste impliquera des interactions régulières avec des ingénieurs, techniciens et chercheurs des laboratoires européens engagés dans le projet.
Profil recherché
Competences :
• Connaissances en océanographie biologique, écologie planctonique ou diversité du phytoplancton.
• Connaissances des indices de diversité et des indicateurs d’état des habitats pélagiques
• Familiarité avec les systèmes d’imagerie planctonique ou de cytométrie en flux.
• Utilisation d’un ou plusieurs langages de programmation (Python, R ; C++ apprécié).
• Connaissance des environnements Unix/Linux et des outils collaboratifs (Git/GitHub).
• Compréhension des standards utilisés dans les infrastructures européennes (Darwin Core, principes FAIR).
• Capacité à coordonner un flux de travail complexe et à travailler en réseau.
• Rigueur, sens de l’organisation, capacités analytiques.
• Très bonne autonomie et adaptabilité.
• Maîtrise de l’anglais (niveau professionnel).
Contraintes et risques :
Travail au bureau avec utilisation intensive d’outils informatiques.
Déplacements possibles en France ou à l’étranger pour des réunions de travail, ateliers ou présentations scientifiques.
Des missions ponctuelles sur le terrain peuvent être envisagées selon les besoins du projet.
Niveau d'études minimum requis
- Niveau Niveau 7 Master/diplômes équivalents
- Spécialisation Sciences naturelles (biologie-géologie)
Langues
- Français Seuil
Qui sommes-nous ?
Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation.
C’est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 33 000 femmes et hommes (dont plus de 16 000 chercheurs et plus de 16 000 ingénieurs et techniciens), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines.
Depuis plus de 80 ans, le CNRS développe des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait du CNRS un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde.
Le partenariat qui lie le CNRS avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.
À propos de l'offre
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Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.
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Vacant
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Experte / Expert en expérimentation, instrumentation et techniques biologiques
