H/F Modélisation spatiale des dynamiques vectorielles: application aux moustiques Aedes
Référence : UMR6266-RAPCAM-011
- Fonction publique : Fonction publique de l'État
- Employeur : Centre national de la recherche scientifique (CNRS)
- Localisation : 76821 MONT ST AIGNAN (France)
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- Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
- Nature du contrat Non renseigné
- Expérience souhaitée Non renseigné
-
Rémunération Fourchette indicative pour les contractuels entre 3071 € - 4259 € brut mensuel selon expérience € brut/an Fourchette indicative pour les fonctionnaires Non renseignée
- Catégorie Catégorie A (cadre)
- Management Non renseigné
- Télétravail possible Non renseigné
Vos missions en quelques mots
Missions :
Les arboviroses comme la dengue, le zika ou le chikungunya sont des maladies transmises par des moustiques du genre Aedes et touchent chaque année des millions de personnes, pour l’instant essentiellement dans les zones urbaines des régions intertropicales. Dans un contexte d’extension rapide d’Aedes albopictus en France, d’augmentation du risque d’arboviroses et de besoin d’outils opérationnels robustes et transférables, l’UMR IDEES développe des outils de modélisation et de simulation spatiale du risque vectoriel. Nous appuyons cette démarche sur un modèle mécaniste spatio-explicite, implémenté en R (version aspatiale) et en Scala (version spatialement distribuée), simulant à pas de temps journalier les dynamiques de population (œufs, stades aquatiques, adultes) sous forme de stocks interconnectés. Les transitions (développement, mortalité, émergence, reproduction) sont pilotées par des forçages environnementaux quotidiens (température, précipitations, évaporation) qui déterminent la disponibilité en eau, ainsi que par la densité de gîtes potentiels influençant la capacité de charge locale. Le système est distribué dans des micro-zones caractérisées par des attributs d’occupation du sol (densité de bâti, végétation, espaces ± ouverts) et par des variables socio-démographiques. Développé et calibré à Bangkok pour Aedes aegypti dans le cadre de l’ANR MO3 (2019–2023), le modèle a montré de bonnes performances pour la prédiction journalière et hebdomadaire des cas de dengue à partir de données hospitalières sentinelles sur deux ans. Dans le cadre du programme ANRS SEA-ROADS (2024–2027), coordonné par l’Institut Pasteur, l’objectif est de poursuivre la calibration, l’analyse de sensibilité et d’évaluer la transférabilité du modèle dans d’autres métropoles d’Asie du Sud-Est disposant de séries vectorielles (collectes 2025–2026 dans le cadre du projet), afin de consolider une base méthodologique réutilisable pour d’autres contextes géographiques, notamment en France.
Activités :
- Poursuivre l'implémentation et maintenir les deux versions du modèle (R aspatial ; Scala spatialement distribué) avec tests et documentation ;
- Paramétrer les processus biologiques (développement, mortalité, émergence, reproduction) à partir de la littérature et des études réalisées par les différents partenaires du projet ;
- Calibrer le modèle sur Bangkok et autres villes du projet SEA-ROADS (Hanoi, Ho Chi Minh, Vientiane, Phnom Penh) en mobilisant les séries entomologiques collectées ;
- Réaliser des analyses de sensibilité globale (Sobol, FAST, et équivalents) afin d’identifier les paramètres dominants et les principales interactions ;
- Quantifier l’incertitude (paramètres, données, structure) et produire des intervalles d’incertitude sur les sorties clés (abondance, taux d’agressivité) ;
- Validation temporelle et spatiale ; leave-area-out ; tests de transférabilité inter-villes ;
- Évaluer les performan
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Profil recherché
Competences :
1. Statistiques, calibration et incertitudes
- Statistiques appliquées (GLMM, modèles hiérarchiques).
- Méthodes de calibration de modèles mécanistes.
- Analyses de sensibilité globale (Sobol, FAST, Morris).
- Propagation des incertitudes et validation spatio-temporelle.
2. Informatique scientifique
- Programmation scientifique avancée en R / Python (data pipelines, modélisation, visualisation).
- Programmation en Scala (ou langage équivalent) pour modèles distribués et performants.
- Gestion de versions (Git), documentation.
- Connaissances en calcul intensif / HPC, parallélisation, automatisation de scénarios.
3. Modélisation entomologique :
- Biologie et écologie des moustiques vecteurs (Aedes aegypti, Aedes albopictus).
- Modélisation mécaniste des dynamiques de populations (modèles à compartiments/stocks).
- Paramétrisation et interprétation des indicateurs entomologiques (abondance, indices larvaires, etc.).
4. Compétences transversales et opérationnelles
- Gestion de données (spatiales) massives (qualité, métadonnées, interopérabilité).
- Travail interdisciplinaire (géographes, entomologistes, épidémiologistes, informaticiens, acteurs de santé publique).
- Capacité à traduire un modèle scientifique en outils opérationnels (cartes, indicateurs, tableaux de bord).
- Rédaction scientifique et technique (articles, livrables, guides utilisateurs).
Contraintes et risques :
NA
Niveau d'études minimum requis
- Niveau Niveau 8 Doctorat/diplômes équivalents
- Spécialisation Formations générales
Langues
- Français Seuil
Qui sommes-nous ?
Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation.
C’est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 33 000 femmes et hommes (dont plus de 16 000 chercheurs et plus de 16 000 ingénieurs et techniciens), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines.
Depuis plus de 80 ans, le CNRS développe des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait du CNRS un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde.
Le partenariat qui lie le CNRS avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.
À propos de l'offre
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Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.
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Vacant
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Chercheuse / Chercheur
