H/F Rôle des variants structuraux dans l’évolution

Missions :
Le projet explore le rôle des variations génétiques structurelles (SV) – comme par exemple les duplications, inversions et translocations - dans l'adaptation à de nouveaux environnements. Nos expériences d'évolution expérimentale dans des conditions de laboratoire contrôlées sont menées à partir de populations hybrides du nématode C. elegans, dérivées de 16 souches fondatrices possédant des variations génétiques structurelles. Le candidat sélectionné analysera les données de séquençage du génome complet, obtenues par du séquençage à lectures longue (long-read sequencing) de ces souches fondatrices, et utilisera des données de séquençage à lectures courtes (short-read sequencing) pour estimer la dynamique de fréquence des SV à travers des séries chronologiques de données ainsi que des lignées recombinantes du panel CeMEE.
Activités :
- Mettre en place un pipeline d’analyse d’identification et de cartographie des variant structuraux dans les lignées fondatrices
- Identifier les fréquences de ces variants dans les populations et suivre leurs dynamiques
- Rédiger un ou plusieurs articles scientifiques
- Participer à la vie de l’équipe et du laboratoire

Contexte de travail :
Ce poste de post-doctorant de 12 mois est disponible à l'Institut de Biologie de l’École Normale Supérieure (IBENS) dans le cadre du projet SVadapt, financé par une bourse interdisciplinaire PSL-Qlife. SVadapt est dirigé par François Mallard (IBENS) et Ingrid Lafontaine (IBPC) et sera hébergé au sein de l'équipe de Génétique Évolutive Expérimentale.