IA pour la conception de protéines et de médicaments. H/F

Résumé du projet scientifique :
Le projet de chaire se situe à l'interface de la biologie structurale, de la bioinformatique et de l'intelligence artificielle (IA), appliquées aux sciences du vivant et de la santé. Il vise à développer des approches innovantes utilisant l'IA pour concevoir des protéines de synthèse capables de mimer ou de créer des réactions enzymatiques et d’interagir avec des partenaires protéiques, modulant leurs modes d’action physiopathologiques. Ces protéines seront également utilisées pour le criblage de molécules organiques, in silico, in vitro ou in cristallo. Le projet s’inscrit dans les thématiques de la virologie et de la glycobiologie, en tirant parti des équipements et expertises du laboratoire et de ses plateformes (PBSIM, CAZy, MaSC). Il inclut des défis allant de la conception de nouvelles protéines à la validation de leurs fonctionnalités, en intégrant des collaborations interdisciplinaires.
Résumé du projet d'enseignement :
Il sera intégré à l’Université Européenne CIVIS, aux Masters de Biologie Structurale et Bio-informatique, et aux formations doctorales du projet France 2030 TIGER, repose sur deux axes : 1) Calcul en IA appliqué à la biologie : les étudiants acquerront les bases de l’IA et son utilisation pour la prédiction des structures protéiques et la conception de protéines de novo, avec des applications en interprétation de structures, modélisation de complexes et développement de médicaments. Et 2) Applications de l'IA en biologie et biomédecine : une présentation des avancées de l'IA au-delà du repliement des protéines, avec un accent sur la découverte de médicaments par criblage IA. L'objectif est de préparer les étudiants aux perspectives futures de l'IA et à leur insertion professionnelle
Le programme intégrera la politique internationale du site via A*MIDEX, le programme doctoral Plinus Cursus, Erasmus+, et bénéficiera des réseaux du laboratoire AFMB ainsi que du soutien du programme H2020
Stratégie de l'établissement :
L’émergence des approches numériques et des technologies d’intelligence artificielle, dans lesquelles le CNRS se positionne de façon très active, accélère considérablement les découvertes scientifiques. Elles constituent une source majeure de progrès en particulier dans le domaine de la biologie structurale pour la recherche de nouvelles configurations moléculaires, la compréhension au niveau atomique des mécanismes du vivant et le développement de stratégies thérapeutiques, diagnostiques ou biotechnologiques.
Dans ce contexte, la chaire de professeur junior vise à la fois à implémenter des approches d’IA pour le développement de la biologie structurale intégrative et à renforcer un de nos laboratoire d’excellence dans le domaine, l’AFMB, largement ouvert sur la communauté nationale et internationale.
Cette chaire s’intègre dans deux des six grands défis sociétaux avec l’intelligence artificielle et la santé et l’environnement en menant des recherches à l’interface des sciences biologiques et numériques.

Stragtégie du Laboratoire :
L'unité AFMB à Marseille est un centre de recherche de premier plan en biologie structurale, reconnue pour son expertise en cristallographie aux rayons X, cryo-microscopie électronique, et approches multidisciplinaires (biochimie, biophysique). Elle bénéficie d’un réseau solide, notamment au sein de FRISBI (French Infrastructure for Integrated Structural Biology), et de technologies de pointe pour des applications médicales et environnementales (mécanismes physiopathologiques, thérapies, biotechnologies). La chaire vise à intégrer l'intelligence artificielle pour élucider les relations structure-fonction des macromolécules, prédire les structures à partir des séquences protéiques et concevoir de nouveaux outils thérapeutiques et biotechnologiques. Ce projet, alliant expérimentation et numérique, renforcera la formation des étudiants en Master et Doctorat et contribuera aux priorités thématiques sur le vivant.