Ingénieur - ingénieure biologiste en laboratoire H/F

Missions :
Le candidat / la candidate intégrera une équipe de recherche spécialisée dans l’étude des mécanismes épigénétiques et transcriptionnels chez les Drosophile. Le projet vise à caractériser l’organisation chromatinienne et l’expression génique lors du développement des ailes de pupe, en combinant des approches de séquençage haut débit (ATAC-seq, Cut&Run, RNA-seq) et d’imagerie (DNA FISH, microscopie confocale).
1. Analyse de la structure chromatinienne et de l’accessibilité génomique :
o Réaliser des expériences d’ATAC-seq et de Cut&Run sur des ailes entières de pupe de drosophile pour cartographier les régions régulatrices et les modifications d’histones.
o Préparer des échantillons pour le séquençage et analyser les données en collaboration avec les bioinformaticiens du projet.
2. Caractérisation de l’expression génique à l’échelle de la cellule unique :
o Isoler des cellules uniques à partir d’ailes pupales pour la préparation de banques RNA-seq et ATAC-seq.
o Participer à l’analyse des données de séquençage pour identifier les profils d’expression et d’accessibilité chromatinienne.
3. Visualisation de l’organisation spatiale du génome :
o Mettre en œuvre des protocoles de DNA FISH pour marquer des séquences d’intérêt proches dans les noyaux des cellules d’ailes pupales.
o Acquérir des images en microscopie confocale et quantifier les distances physiques entre les séquences cibles.

Activités :
Préparation des échantillons
- Sexage et dissection d’ailes de pupes de drosophile à différents stades et fixation des tissus.
- Préparation de noyaux ou de cellules uniques pour les expériences de séquençage.
- Optimisation des protocoles de Cut&Run et ATAC-seq.
Expérimentations
- Réalisation des expériences de Cut&Run, ATAC-seq, RNA-seq et ATAC-seq sur ailes entières et cellules isolées .
- Préparation des sondes et hybridation pour le DNA FISH.
- Acquisition d’images en microscopie confocale.

Gestion de projet
- Rédaction de protocoles et de rapports techniques.
- Participation aux réunions d’équipe et présentation des résultats, formation des étudiants aux techniques utilisées.
- Veille scientifique sur les méthodes émergentes.

Contexte de travail :
L'IBDM situé sur le Campus de Luminy, comprend environ 220 personnes titulaires Chercheurs, Enseignants-Chercheurs, Ingénieurs et Techniciens et non permanents CDD, Post doc, Doctorants, stagiaires répartis sur 22 équipes de recherches et 11 plateaux techniques et services.
L'IBDM est une unité mixte de recherche sous une tutelle du CNRS et de l'AMU, qui explore le domaine de la Biologie du développement et des pathologies qui y sont associées.
L'activité s'exercera au sein de :
L’équipe "Évolution et développement de la morphologie et du comportement" dirigée par Benjamin PRUD'HOMME
Le laboratoire étant composé de plusieurs nationalités, la pratique de la langue anglaise est indispensable.