Ingénieur biologie computationnelle H/F analyse de données omics
Référence : UMR7275-PASBAR-015
- Fonction publique : Fonction publique de l'État
- Employeur : Centre national de la recherche scientifique (CNRS)
- Localisation : 06560 VALBONNE (France)
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- Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
- Nature du contrat Non renseigné
- Expérience souhaitée Non renseigné
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Rémunération (fourchette indicative pour les contractuels) entre 2372,55 € et 2987,29 € bruts mensuels selon expérience € brut/an
- Catégorie Catégorie A (cadre)
- Management Non renseigné
- Télétravail possible Non renseigné
Vos missions en quelques mots
Missions :
Gestion des données produites par la plateforme UCAGenomiX de Nice-Sophia-Antipolis, nœud local du réseau « France Génomique » (https://www.france-genomique.org/).
Bioanalyse sur des données produites (DNAseq, RNAseq, single-cell RNA-seq, transcriptomique spatiale, multiomique).
Mise en œuvre et amélioration des pipelines d'analyse.
Veille technologique et développement de nouvelles applications.
Echanges avec les chercheurs et collaborateurs avec communication régulière sur l'avancement des projets.
Activités :
Sécurisation des données produites par la plateforme et partage des analyses primaires de quantification des acides nucléiques avec les collaborateurs de la plateforme à l'aide d'outils existants.
Développement et déploiement de procédures automatiques de contrôle des données, de présentation et d'exploration des résultats. .
Adaptation et exploitation des pipelines d'analyse de données de transcriptomique sur cellule unique, bulk RNA-seq, transcriptomique spatiale en lien avec les questions scientifiques posées.
Appui aux chercheurs sur l'analyse exploratoire des résultats, et rédaction des rapports d'expériences.
Participation active au développement bio-informatique local, régional et national et à la veille scientifique et technologique, dans le cadre des grands projets de l'unité (3IA Côte d'Azur, IHU Respirera, Equipex 4D-OMICs, PEPR Molecularxiv, PEPR CellID, PEPR Sysp&Eau, Obépine+, Action concertée ST-OMICs).
Contexte de travail :
Le poste est à pourvoir au sein de la plateforme UCA GenomiX, installée à l'Institut de Pharmacologie Moléculaire et Cellulaire à Valbonne – Sophia Antipolis (Alpes Maritimes). Membre fondateur de l'infrastructure nationale France Génomique, la plateforme dispose d'un large éventail d'instruments pour la réalisation d'expérience de génomique (e.g. séquenceurs Nextseq2000, PromethION, transcriptomique spatiale Merscope et Xenium, microfluidique ChromiumX, Integra Assist+), et de solides ressources informatiques
Profil recherché
Competences :
Expérience opérationnelle sur serveurs Unix/Linux et gestion de bases de données relationnelles.
Maitrise des logiciels d'analyse primaire des données de séquençage et d'analyse statistique (Python, R).
Bonnes connaissances en biologie.
Aptitude à la communication orale et écrite (français/anglais).
Capacité au travail en équipe, dans le cadre de multiples collaborations avec des chercheurs, doctorants, post-doctorants, ingénieurs.
Capacité d'initiative dans l'organisation générale et quotidienne afin de faciliter les interactions au sein d'un large réseau de collaborateurs.
Contraintes et risques :
Néant
Niveau d'études minimum requis
- Niveau Niveau 6 Licence/diplômes équivalents
- Spécialisation Sciences naturelles (biologie-géologie)
Langues
- Français Seuil
Qui sommes-nous ?
Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation.
C’est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 33 000 femmes et hommes (dont plus de 16 000 chercheurs et plus de 16 000 ingénieurs et techniciens), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines.
Depuis plus de 80 ans, le CNRS développe des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait du CNRS un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde.
Le partenariat qui lie le CNRS avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.
À propos de l'offre
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Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.
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Vacant
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Experte / Expert en biologie - SVT
