Ingénieur d'étude en microscopie électronique - Reconstruction 3D par FIB-SEM (H/F)

Missions :
La personne recrutée assurera l’analyse 3D par la technique de FIB-SEM de la micro-algue Chlamydomonas, dans le cadre du projet ANR Secret Story qui débute au 1er janvier 2026.
La personne recrutée sera en charge de : préparation des blocs de résine pour l’acquisition en MET et en FIB-SEM (en collaboration avec les partenaires de l’ANR), acquisition 3D au FIB-SEM, traitement des données pour l’analyse d’image (alignement, pre-processing, débruitage) et segmentation du système endomembranaire de Chlamydomonas. Elle travaillera en interaction avec les autres partenaires du projet Secret Story et devra présenter les résultats obtenus lors des revues de projet.
Travaillant au sein de la plateforme, la personne participera également aux activités de la plateforme (essentiellement pour les missions de service ou de formation des utilisateurs sur les machines et protocoles utilisés pour le projet) en collaboration avec l’ingénieure de recherche responsable de la plateforme et la technicienne rattachée à la plateforme.
La personne recrutée travaillera au sein de la plateforme IMAGERIE-GIF en relation avec les membres des 2 autres plateformes d’imagerie du pole, à savoir la microscopie photonique et la cytométrie.
Activités :
- Préparation d’échantillon pour la microscopie électronique en transmission et/ou pour le FIB-SEM (fixation chimique ou cryo-fixation sous haute pression, déshydratation, inclusion en résine, ultramicrotomie, observation au microscope électronique en transmission et à balayage)
- Acquisition 3D à température ambiante au FIB-SEM sur des échantillons biologiques inclus en résine
- Traitement et analyse de jeux de données 3D obtenus au FIB-SEM, mise en œuvre des protocoles de segmentation des compartiments membranaires de la micro-algue Chlamydomonas
- Valorisation des résultats (présentation orale en réunions de travail, présentation orale et par affiche en congrès, participation à la rédaction des publications)
- Accompagnement des utilisateurs à l'imagerie cellulaire par microscopie électronique sur les MET et FIB-SEM
- Participation à l’accueil de formations universitaires environnantes et de stages (licence et master) sur les MET et FIB-SEM
Contexte de travail :
L'Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC) est une unité mixte de recherche placée sous les tutelles du CEA, du CNRS et de l'Université Paris-Saclay. Il regroupe environ 650 agents, 61 équipes de recherches réparties en 5 départements scientifiques et 15 plateformes technologiques. L’agent recruté sera affecté à la plateforme de microscopie électronique, qui est l'une des 3 composantes du pôle d'imagerie de l'I2BC, «Imagerie-Gif», localisée dans le bâtiment 21 du campus de Gif-sur-Yvette. Ce pôle est labellisé IBiSA, certifié selon les normes IS09001 et NFX 50900 et intégré à l'infrastructure nationale France-Biolmaging. L'agent affecté à la plate-forme de Microscopie électronique, travai
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