Ingénieur d'Etude ou Ingénieur de Recherche en Neurosciences Computationnelles et Transcriptomique (H/F)
Référence : 2024-1715451
- Fonction publique : Fonction publique de l'État
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Employeur :
Université Claude Bernard Lyon 1
Université Claude Bernard Lyon 1 - Localisation : Lyon 69008
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- Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
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Nature du contrat
CDD de 2 ans
- Expérience souhaitée Débutant
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Rémunération (fourchette indicative pour les contractuels) Non renseigné
- Catégorie Catégorie A (cadre)
- Management Non renseigné
- Télétravail possible Non renseigné
Vos missions en quelques mots
Le contexte :
L'Université de Lyon 1, en collaboration avec 11 partenaires, coordonne le projet SHAPE-Med@Lyon (www.shape-med-lyon.fr). Le projet BrainChat - récemment primé par le consortium SHAPEMed@Lyon dans le cadre de l’appel à projets d’amorçage 2024- a comme objectif d’unir les forces d'équipes et de plateformes travaillant en neuroscience, avec la production de jeux de données de cellules uniques et les sciences du numérique pour étudier les astrocytes en tant qu'acteurs centraux de l'homéostasie du cerveau en bonne santé et dans les pathologies. Ce projet collaboratif est porté par Olivier Raineteau du SBRI, Hugues Berry de l’Inria et Guillaume Marcy de la plateforme de bioinformatique du Labex Cortex. Le projet BrainChat recrute un ingénieur en Neurosciences Computationnelles et Transcriptomique afin de développer et raffiner des workflows d’analyse de données de séquençage unicellulaire/spatial à l’aide d’approche de « machine learning », fournissant ainsi de nouvelles perspectives sur l’étude des interactions cellulaires au sein du cerveau.
Les missions principales :
- Raffinement et application de scripts d'analyse existants pour le contrôle qualité des jeux de données, le clustering, l'identification des signatures transcriptionnelles, l'identification des processus biologiques associées et l'analyse de la communication intercellulaire.
- Mise en oeuvre des outils de " machine learning " pour automatiser et raffiner certaines étapes du workflown d'analyse.
Activités principales de l'agent :
- Intégration de jeux de données propriétaires et publics provenant de souris et d'humains au fur et à mesure de leur
disponibilité
- Production de jeux de données originaux de transcriptomique spatiale haute résolution.
- Développement de méthodes innovantes pour l'inférence des interactions cellulaires basées sur les complémentarités métaboliques et l'organisation spatiale des astrocytes par rapport aux neurones.
Profil recherché
Compétences attendues :
- Maîtrise des langages de programmation tels que Python ou R.
- Expérience avec les cadres et outils de machine learning ainsi que les outils et bases de données bioinformatiques pertinents pour la transcriptomique.
Connaissances :
- Solides compétences analytiques avec la capacité d'interpréter des données biologiques complexes.
- Capacité créative à résoudre des problèmes pour développer de nouvelles approches d'analyse de données.
Savoir être :
- Excellentes compétences en communication pour collaborer efficacement avec des experts dans la production de jeux de données de séquençage unicellulaire/spatial et des experts en neurosciences computationnelles et analyse de données
- Capacité à présenter clairement les résultats et les méthodologies à des publics techniques et non techniques.
Niveau d'études minimum requis
- Niveau Niveau 6 Licence/diplômes équivalents
Éléments de candidature
Documents à transmettre
Qui sommes-nous ?
L’Université Claude Bernard Lyon 1 est une université pluridisciplinaire (santé, sciences, ESPE, Polytech, IUT, ISFA…). Composée de 16 composantes et 47 unités mixtes de recherche (UMR), 15 unités de recherche (UR), 17 structures fédératives dont 5 unités d’appui à la recherche (UAR). Elle déploie son activité sur 13 sites. Elle compte près de 46 000 étudiants/étudiantes et emploie 4 900 personnels titulaires et contractuels.
Le budget de l’université s’élève à 478 millions d’euros dont 315 millions au titre de la masse salariale. Elle dispose en outre de deux filiales de droit privé.
L’Université Lyon 1 propose, depuis plus de 50 ans, une formation d’excellence et une recherche de pointe.
En tant qu’employeur responsable, l’Université Lyon 1 s’engage à favoriser la qualité de vie au travail, l’inclusion professionnelle et l’innovation individuelle et collective.
Descriptif du service
- Laboratoire 1 : SBRI, Stem-cell & Brain Research Institute Ville : Bron
- Laboratoire 2 : Inria Ville : Villeurbanne Composante/Service : Equipe Inria AIstroSight
- Laboratoire 3 : Plateforme de bioinformatique du Labex Cortex Ville : Lyon 8
À propos de l'offre
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Vacant à partir du 01/01/2025
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Experte / Expert en information statistique