
Ingénieur d'études en bio-informatique (F/H)
Référence : 2025-2016327
- Fonction publique : Fonction publique de l'État
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Employeur :
INSERM - Délégation Régionale Grand Ouest
Inserm - Localisation : CLCC Eugène Marquis - Rue de la Bataille Flandres Dunkerque - 35000 RENNES
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- Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
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Nature du contrat
CDD de 2 ans
- Expérience souhaitée Débutant
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Rémunération Fourchette indicative pour les contractuels Non renseignée Fourchette indicative pour les fonctionnaires Non renseignée
- Catégorie Catégorie A (cadre)
- Management Non
- Télétravail possible Oui
Vos missions en quelques mots
Mission principale
La personne recrutée aura pour mission de soutenir au niveau bio-informatique et biostatistique les activités de l’équipe PLATON dans le cadre d’un programme de recherche visant à identifier puis à caractériser de nouveaux gènes cibles régulés par la voie de signalisation du TGF-beta dans les cancers du foie. Cette offre s’inscrit dans un programme de recherche qui vise notamment à identifier des ARN circulaires grâce à l’utilisation des nouvelles technologies de séquençage longue lecture (Nanopore long-read RNA sequencing) et le développement de programmes dédiés à l’annotation des ARN circulaires. Parallèlement, la personne recrutée sera en charge des analyses de l’expression des gènes par des approches de NGS (e.g. génération et analyse de matrices d’expression, analyses statistiques, clustering, ACP, méta-analyses à partir de données publiques d’expression génique, outils de data mining). Le/la candidat(e) devra interagir avec les membres de l’équipe impliqués dans le projet (doctorants, post-doctorants, ingénieurs).
Activités principales
· Concevoir et effectuer des analyses computationnelles et statistiques en génomique issues des travaux de recherche de l’équipe
· En collaboration avec une équipe sur le site, développement de programmes dédiés à l’annotation des ARN circulaires à partir de données de séquençage long-read Nanopore et prédiction de leur potentiel codant
· Analyses et méta-analyses transcriptomiques à partir de données de RNAseq (short-read et long-read) générées par le laboratoire et à partir de bases de données publiques (e.g. NCBI, EBI)
· Assister les autres membres de l'équipe dans les analyses de biologie computationnelle
· Diffuser les résultats sous forme de rapports et présentations orales, notamment en Anglais
Profil recherché
Connaissances
· Connaissance approfondie des outils d’analyse génomique en lecture courte et longue (short/long-read RNAseq)
· Connaissance des outils bio-informatiques et biostatistiques pour l’analyse de l’expression des gènes et le data mining
· Connaissance des bases de données publiques de génomique
Savoir-faire
· Maîtrise d’au moins un langage de script (par ex. Python, R ou bash)
· Expérience exigée dans l'analyse de données de séquençage à haut débit
· Expérience appréciée dans l'utilisation d'un cluster de calcul et d'un gestionnaire de pipelines d'analyses pour une démarche FAIR
· Expérience en bases de données relationnelles (MySQL) et programmation d'applications web serait un plus
Aptitudes
· Rigueur, organisation, sérieux, motivation
· Aisance de communication
· Capacité d’initiative, travail en équipe
Expérience souhaitée
Stage en laboratoire de recherche (>6 mois) en analyse bioinformatique de données d’expression génique
Niveau de diplôme et formation(s)
Master
Niveau d'études minimum requis
- Niveau Niveau 7 Master/diplômes équivalents
- Spécialisation Informatique, traitement de l'information, réseau de transmission des données
Localisation
Éléments de candidature
Documents à transmettre
Qui sommes-nous ?
L’Inserm est le seul organisme public français entièrement dédié à la recherche biologique, médicale et en santé des populations. Il dispose de laboratoires de recherche sur l’ensemble du territoire, regroupés en 12 Délégations Régionales. Notre institut réunit 15 000 chercheurs, ingénieurs, techniciens et personnels administratifs, avec un objectif commun : améliorer la santé de tous par le progrès des connaissances sur le vivant et sur les maladies, l’innovation dans les traitements et la recherche en santé publique.
Rejoindre l’Inserm, c’est intégrer un institut engagé pour la parité et l’égalité professionnelle, la diversité et l’accompagnement de ses agents en situation de handicap, dès le recrutement et tout au long de la carrière. Afin de préserver le bien-être au travail, l’Inserm mène une politique active en matière de conditions de travail, reposant notamment sur un juste équilibre entre vie personnelle et vie professionnelle.
L'Inserm a reçu en 2016 le label européen HR Excellence in Research et s'est engagé à faire évoluer ses pratiques de recrutement et d'évaluation des chercheurs.
Descriptif du service
Unité INSERM U1242 “Oncogenesis, Stress Signaling” (OSS)
Equipe “Cell Plasticity, TGFβ & Oncology” (PLATON)
https://oss-clcc.univ-rennes.fr/platon-cell-plasticity-tgfb-and-oncology-0
Le laboratoire OSS est une structure de recherche translationnelle réunissant des biologistes et des cliniciens du Centre le Lutte Contre le Cancer et du CHU de Rennes autour d’un même centre d’intérêt pour l’étude des mécanismes cellulaires et moléculaires impliqués dans l'oncogenèse des cancers solides.
Responsables : Eric Chevet (Directeur unité) / Cédric Coulouarn (Responsable équipe PLATON)
À propos de l'offre
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· Nombre d’heures hebdomadaires 38,5
· Congés Annuels : 45 jours
Pour postuler, merci d’envoyer à cedric.coulouarn@inserm.fr un seul fichier PDF nommé IEbioinfo2025_NAME.pdf avec l'objet de messagerie IEbioinfo2025. Le fichier PDF doit contenir les documents suivants :
· CV complet
· Copie du dernier diplôme et notes correspondantes (M1/M2)
· Lettre de motivation, expliquant l’adéquation entre vos compétences et votre expérience antérieure avec les missions décrites dans l'offre d’emploi
Coordonnées de 1-2 personnes de référence (nom, fonction, affiliation, adresse email, lien avec le candidat)
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· Intéraction avec les biologistes et les cliniciens de l’équipe
· Collaboration avec une équipe de bio-informaticiens sur le site
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Vacant à partir du 01/12/2025
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Experte / Expert en information statistique