Ingénieur d'études en bioinformatique (H/F)

Référence : UMR5175-THOLEN-009

  • Fonction publique : Fonction publique de l'État
  • Employeur : Centre national de la recherche scientifique (CNRS)
  • Localisation : 34293 MONTPELLIER (France)
Domaine : Recherche
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  • Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
  • Nature du contrat Non renseigné
  • Expérience souhaitée Non renseigné
  • Rémunération Fourchette indicative pour les contractuels à partir de 2 521,95 € et selon expériences € brut/an Fourchette indicative pour les fonctionnaires Non renseignée
  • Catégorie Catégorie A (cadre)
  • Management Non renseigné
  • Télétravail possible Non renseigné

Vos missions en quelques mots

Missions :
Concevoir et organiser la gestion et le traitement bio-informatique de données de séquençage en génomique évolutive
Activités :
- Utiliser couramment des méthodes bioinformatiques et biostatistiques pour analyser des données génomiques et pour participer activement à la recherche menée en génomique évolutive sur le projet RegEvol
- Conseiller, assister et former les membres du projet aux diverses techniques de traitement des données de séquençage dans différents environnements (clusters de calcul, cloud, Linux, Mac et Windows)
- Concevoir et mettre en œuvre des protocoles de gestion et stockage des données
- Assurer la veille technologique pour connaître les nouvelles techniques et les nouveaux logiciels et assurer l’interface avec les plateformes d’analyse et de calcul.

Contexte de travail :
La personne passera la plupart du temps dans le groupe d'Ecologie Génétique et Evolutive (GEE, ~40 personnes) du Centre d'Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE), un grand institut de recherche axé sur l'écologie et l'évolution situé à Montpellier, dans le sud de la France, avec d'éventuelles visites de partenaires du projet ailleurs en France. Le poste fait partie d'un projet ERC avancé ('RegEvol', Thomas Lenormand), qui aborde de nouvelles idées et prédictions théoriques sur le rôle de l'évolution des régulateurs de l’expression de gènes pour plusieurs sujets fondamentaux importants en biologie évolutive (chromosomes sexuels, maintien du sexe, complexité des réseaux de gènes, etc.). La personne recrutée rejoindra l'équipe travaillant sur ce projet, comprenant Aline Muyle, Christoph Haag, Denis Roze, Sylvain Glémin, et Thomas Lenormand, ainsi que d'autres personnes recrutées sur le projet. Elle travaillera aussi en coordination avec le pôle informatique du CEFE et plusieurs bio-informaticiens recrutés sur des projets spécifiques. A l’extérieur du CEFE, elle sera en contact important avec les ingénieurs de la plateforme MBB (Montpellier Bio-informatique Biodiversité et Génomique Environnementale) et des autres plateformes de bio-informatique à l’échelle Montpellieraine et nationale. La personne recrutée rejoindra ainsi un environnement de travail très riche, diversifié, et scientifiquement stimulant Elle s’appuiera sur des ressources mutualisées et des architectures de pointe de calcul intensif (High Performance Computing, bigmem, machines GPU), de traitement massif de données et de cloud, proposés au laboratoire, au niveau régional et national. Le contrat pourra éventuellement être renouvelé.

Profil recherché

Competences :
- Connaissances et savoir-faire approfondis en bio-informatique et traitement des données de séquençage (par exemple assemblage, transcriptomique, mapping, variant calling, sur des données Illumina, ONT, PacBio).
- Connaissances en calcul GPU
- Connaissances en langage (Bash, Python, R, conda, slurm) et environnements informatiques
- Capacité à explorer et à mettre en place l'utilisation de logiciels/outils spécifiques aux besoins des analyses « downstream » (expression différentielle, outils de génomique des populations et d’évolution moléculaire, cartographie génétique etc), ainsi que d'outils de gestion de workflows
- Intérêt pour la biologie évolutive et la génomique des populations
- Anglais avancé
- Forte capacité au travail en équipe et en interaction

Contraintes et risques :
RAS

Niveau d'études minimum requis

  • Niveau Niveau 6 Licence/diplômes équivalents
  • Spécialisation Sciences naturelles (biologie-géologie)

Langues

  • Français Seuil

Qui sommes-nous ?

Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation.

C’est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 33 000 femmes et hommes (dont plus de 16 000 chercheurs et plus de 16 000 ingénieurs et techniciens), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines.

En savoir plus sur l'employeur

À propos de l'offre

  • Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

  • Vacant

  • Experte / Expert en biologie - SVT

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