Ingénieur d'Étude en Bioinformatique des séquences (H/F)

Référence : UMR5525-SOPABB-002

  • Fonction publique : Fonction publique de l'État
  • Employeur : Centre national de la recherche scientifique (CNRS)
  • Localisation : 38700 LA TRONCHE (France)
Domaine : Recherche
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  • Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
  • Nature du contrat Non renseigné
  • Expérience souhaitée Non renseigné
  • Rémunération Fourchette indicative pour les contractuels à partir de 2466€ bruts/mois, selon expérience € brut/an Fourchette indicative pour les fonctionnaires Non renseignée
  • Catégorie Catégorie A (cadre)
  • Management Non renseigné
  • Télétravail possible Non renseigné

Vos missions en quelques mots

Missions :
Vous intégrerez le groupe compbio@TrEE au laboratoire TIMC (voir contexte) en qualité d'Ingénieur d'Étude au CNRS pour contribuer à deux missions principales :
- mettre en place la pipeline d'analyse d'enzymes de la chaîne de transferts d'électrons dans le cadre du projet ANR ADAPT2Q https://anr.fr/Projet-ANR-23-CE44-0012
- gérer et maintenir les données de génomes utilisées par l'équipe et participer ponctuellement à la mise en place de travaux en groupe au sein de l'équipe
Activités :
Dans le cadre du projet collaboratif ADAPT2Q financé par l'Agence Nationale de la Recherche impliquant l'équipe TrEE du laboratoire TIMC (Grenoble, lieu du recrutement), le laboratoire BIP (Marseille) et le laboratoire LCB (Marseille), nous proposons un contrat d'Ingénieur d'Étude CNRS en bioinformatique de 22 mois. Pour contribuer aux deux missions principales, les activités principales à réaliser seront les suivantes :

1. Mise en place de la pipeline d'analyse d'enzymes
- collecte de séquences des enzymes d'intérêt auprès de nos collaborateurs
- mise en place d'une pipeline d'analyse des séquences protéiques de ces enzymes en plusieurs étapes :
- création et validation de profils HMM pour l'annotation de ces enzymes dans les génomes des bases de données
- annotation des génomes et recueil des séquences d'intérêt
- analyse de séquences (coévolution, clustering, alignement multiple)
- "mapping" de résultats sur la structure 3D des enzymes
- construction de phylogénie des enzymes
- traitement joint des données de phylogénie, de coévolution, de taxonomie et du type de quinones produites (annotations déjà disponibles)
- communication de l'avancée du projet et des résultats obtenus (création de figures sur la base des résultats, de rapports explicatifs et de présentations pour l'équipe et les collaborateurs)

2. Gestion de ressources partagées de compBio@TrEE
- assurer la mise à jour et la maintenance de scripts Python et snakemake pour le téléchargement et l'homogénéisation de données de génomes publics ou privés utilisées par le groupe et pour le projet ADAPT2Q
- assurer la mise en place technique d'évènements ponctuels de l'équipe ("peer programming" et retraite bioinformatique) : recueil et mise en forme des données
- création de notices techniques et documentation en lien avec les ressources partagées (bases de données et serveurs de calcul)
- formation des membres du groupe aux bonnes pratiques mises en place dans l'équipe
Contexte de travail :
Vous travaillerez au sein du laboratoire TIMC (Recherche Translationnelle et Innovation
en Médecine et Complexité), une unité mixte de recherche interdisciplinaire (CNRS, UGA, G-INP, VetAgro Sup) qui regroupe près de 300 membres, dont 70 doctorants, répartis en 10 équipes. Situé sur l’espace santé du CHU de Grenoble, le laboratoire vous offre un contexte de travail scientifique stimulant et un cadre de vie agréable, entouré de montagne
Voir plus sur le site emploi.cnrs.fr...

Profil recherché

Competences :
Nous recherchons un(e) candidat(e) formé en bioinformatique et en biologie muni des compétences pour le développement de pipelines d'analyses de données biologiques massives.

Plus précisément, les compétences requises sont :
- bioinformatique et analyse de séquences
- langage Python
- scripting en bash/shell
- utilisation d'un environnement Linux
- utilisation de Git et github/gitlab,
- utilisation d'un serveur de calcul informatique

Des notions de biologie structurale/ biochimie seraient un plus, ainsi qu'un intérêt pour l'évolution des fonctions biologiques.
Contraintes et risques :

Niveau d'études minimum requis

  • Niveau Niveau 7 Master/diplômes équivalents
  • Spécialisation Sciences naturelles (biologie-géologie)

Langues

  • Français Seuil

Qui sommes-nous ?

Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation.

C’est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 33 000 femmes et hommes (dont plus de 16 000 chercheurs et plus de 16 000 ingénieurs et techniciens), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines.

En savoir plus sur l'employeur

À propos de l'offre

  • Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

  • Vacant

  • Experte / Expert en biologie - SVT

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