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Ingénieur de recherche - Développement du logiciel libre RTK pour la reconstruction tomographique (H/F)

Référence : UMR5220-SIMRIT-007

  • Fonction publique : Fonction publique de l'État
  • Employeur : Centre national de la recherche scientifique (CNRS)
  • Localisation : 69008 LYON (France)
Domaine : Numérique
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  • Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
  • Nature du contrat Non renseigné
  • Expérience souhaitée Non renseigné
  • Rémunération (fourchette indicative pour les contractuels) A partir de 2 875 € bruts mensuel selon expérience € brut/an
  • Catégorie Catégorie A (cadre)
  • Management Non renseigné
  • Télétravail possible Non renseigné

Vos missions en quelques mots

Missions :
Dans le cadre d'un projet financé par le CNRS suite à l'appel à projet OPEN sur la valorisation des logiciels libres, la personne recrutée aura en charge le support et le développement de la plateforme logicielle libre de reconstruction tomographique RTK pour
- créer une communauté d'utilisateurs plus large en améliorant l'expérience utilisateur par le développement d'outils en ligne de commande Python, des notebooks illustratifs et une documentation utilisateur,
- améliorer la rapidité en faisant appel à des logiciels alternatifs pour certaines opérations élémentaires,
- utiliser RTK dans des algorithmes de reconstruction utilisant l'apprentissage automatique.
Activités :
Les besoins en développement identifiés sont :
- mise en place d’une documentation utilisateur intégrée au code.
- mise en place d’outils en ligne de commande Python qui pourraient être distribués via Pypi pour éviter l’étape de compilation qui est actuellement nécessaire et difficile pour certains utilisateurs.
- interconnexion avec d’autres logiciels de reconstruction (https://www.astra-toolbox.com/, https://www.ccpi.ac.uk/CIL, https://github.com/CERN/TIGRE, etc) pour un bénéfice mutuel (rapidité et nouvelles fonctionnalités pour RTK),
- possibilité d’intégrer efficacement RTK à un modèle d’apprentissage automatique ce qui nécessiterait d’éviter les transferts entre les mémoires CPU et GPU. Cette fonctionnalité permettrait d’interconnecter RTK avec Pytorch par exemple ou des plateformes plus haut niveau telle que Spyrit (https://github.com/openspyrit), développée à CREATIS.
Contexte de travail :
RTK est une boite à outil logiciel permettant de reconstruire des images tomographiques 3D à partir de projections radiographiques 2D. Ce calcul est au cœur des scanners, médicaux ou industriels. RTK permet une reconstruction rapide, parallélisée sur CPU ou sur GPU, d’images 3D ou 4D (spatio-temporelles ou spectrales), avec des algorithmes analytiques ou itératifs. Il peut lire les données de nombreux scanners médicaux et industriels. RTK a été développé pour être un module d’ITK (www.itk.org), un logiciel de segmentation et de recalage d’images médicales. RTK est un ensemble de codes C++ et Cuda, et peut être utilisé pour être intégré à une application logicielle, d’un scanner par exemple. Il est également distribué sous forme d’un package binaire Python pour être utilisé sans compilation préalable. Plus simplement, un ensemble d’outils en lignes de commande permet une utilisation sans développement Python ou C++.

Profil recherché

Competences :
Maitrise de Git, CMake, Python et C++ requises, Cuda serait un plus.
Bonne connaissance de l'anglais.
Doctorat dans le domaine de la reconstruction tomographique.

Contraintes et risques :

Niveau d'études minimum requis

  • Niveau Niveau 7 Master/diplômes équivalents
  • Spécialisation Informatique, traitement de l'information, réseau de transmission des données

Langues

  • Français Seuil

Qui sommes-nous ?

Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation.

C’est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 33 000 femmes et hommes (dont plus de 16 000 chercheurs et plus de 16 000 ingénieurs et techniciens), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines.

En savoir plus sur l'employeur

À propos de l'offre

  • Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

  • Vacant

  • Responsable Sécurité des Systèmes d'Information - RSSI

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