Ingénieur de recherche bio-informaticien en Onco-Immunologie (H/F)

Missions :
Ingénieur de recherche (28 mois) participant à la réalisation d’un projet collaboratif en onco-immunologie sur des tumeurs d’une cohorte de patients atteints de carcinomes épidermoïdes de la tête et du cou. Assurer l’organisation et l’exécution expérimentale du projet en collaboration avec les plateformes technologiques (Imagerie par cytométrie de masse, transcriptomique spatiale). Ces études utiliseront des données scRNAseq et d’imagerie multidimensionnelle (proteines/ARN). Le candidat participera à la conception de panels d’analyses multiparamétriques. Il utilisera/développera des méthodes informatiques pour l’analyse spatiale des images en étroite interaction avec les membres de l'équipe et le réseau de collaborateurs scientifiques et cliniques du projet.
Activités :
- Participer à la conception de panels de marquages en imagerie multiparamétrique (imagerie par cytométrie de masse, immunofluorescence)
- Participer à la conception d’un panel de transcriptomique spatiale
- Coordonner le transfert des échantillons biologiques entre partenaires
- Gérer les données d’imagerie haute dimension générées (IMC, transcriptomique spatiale)
- Appliquer des méthodes informatiques pour l’analyse spatiale de marquages de coupes de tumeurs humaines
- Développer des méthodes informatiques pour l’analyse spatiale de marquages multiparamétriques de coupes de tumeurs humaines
- Assurer la mise en forme des résultats et la présentation des résultats
- Rédiger des rapports

Contexte de travail :
La structure: Le laboratoire de recherche des Drs Véronique Braud et Fabienne Anjuère est établi à l'Institut de Pharmacologie Moléculaire et Cellulaire (IPMC) (https://www.ipmc.cnrs.fr) (Université Côte d'Azur, Sophia Antipolis, France), un institut de recherche qui offre un excellent environnement de recherche multidisciplinaire stimulant et des technologies de pointe.
Le Laboratoire: Notre équipe de recherche combine des approches complémentaires pour étudier la surveillance immunitaire dans les épithéliums sains et pathologiques. Des travaux récents menés par l'équipe ont permis de caractériser l’immunosuppression associée au développement de carcinomes épidermoïdes cutanés (cSCC) et aux carcinomes de la tête et du cou (HNSCC). Grâce au profilage de l'expression génique et à des analyses phénotypiques et fonctionnelles par cytométrie multiparamétrique, nous avons caractérisé les cellules immunitaires infiltrant les cSCC/HNSCC et leurs interactions au sein du tissu tumoral, identifié les mécanismes qui favorisent la croissance tumorale et proposé une reprogrammation des cellules immunitaires (Khou-20, Luci-21, Bourdely-22, Goncalves-Maia-20, Spenlé-20). Le développement d’un panel d’anticorps ciblant 39 variables sur une coupe unique de tumeur pour l’imagerie par cytométrie de masse et l’application de cette approche à une cohorte de cSCC a permis d’identifier des caractéristiques immunologiques spatiales d
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