Ingénieur de recherche en analyse de données biologiques (H/F)

Référence : UMR9002-SOFKOS-054

  • Fonction publique : Fonction publique de l'État
  • Employeur : Centre national de la recherche scientifique (CNRS)
  • Localisation : 34396 MONTPELLIER (France)
Domaine : Numérique
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  • Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
  • Nature du contrat Non renseigné
  • Expérience souhaitée Non renseigné
  • Rémunération Fourchette indicative pour les contractuels à partir de 3146 € bruts mensuels, ajustable selon experience € brut/an Fourchette indicative pour les fonctionnaires Non renseignée
  • Catégorie Catégorie A (cadre)
  • Management Non renseigné
  • Télétravail possible Non renseigné

Vos missions en quelques mots

Missions :
L’ingénieur ou l’ingénieure aura en charge le développement et l’enrichissement de graphes de connaissances en immunogénétique, notamment par l’extension des graphes IMGT-KG et IMGT/mAb-KG. Il ou elle assurera la modélisation ontologique, l’intégration de nouvelles entités, l’alignement sémantique et la définition de règles logiques. La personne appliquera des méthodes de machine learning et de NLP sur des données omics et des graphes sémantiques, et développera des outils d’analyse et de visualisation adaptés aux données complexes d’immunoinformatique. Elle participera à la maintenance et à l’évolution des bases de données IMGT® (TripleStore, Neo4J) et des outils web associés, tout en valorisant ses travaux par des publications scientifiques et des communications dans des conférences internationales.
Activités :
Conception et enrichissement de graphes de connaissances en immunogénétique, développement d’outils d’analyse et de visualisation, application de méthodes de machine learning sur des données omics, modélisation ontologique, et valorisation scientifique via publications et conférences.
Contexte de travail :
Les conditions de travail sont décrites dans le règlement intérieur de l'IGH.
Le site de l'IGH est disponible ici : https://www.igh.cnrs.fr/en
Le site de l'IMGT est accessible ici : https://www.imgt.org/
Pour une meilleure idée de notre thématique, n'hésitez pas à consulter la liste de nos publications, accessible ici : https://www.imgt.org/IMGTinformation/IMGTreferences.php?data=publications

Profil recherché

Competences :
● Connaissances en immunogénétique : structures des immunoglobulines, TCR, MHC, applications thérapeutiques (anticorps monoclonaux).
● Web sémantique et Graphe de connaissance : création, interrogation, enrichissement.
● Connaissance de techno : SPARQL, OWL, RDF, Jena, Fuseki, Neo4J, TripleStore,
● Machine Learning : modélisation prédictive, KG embeddings, LLM et BioNLP.
● Programmation avancée : Python, librairie datascience et Machine Learning, Java, Sparql.

Contraintes et risques :
Travail sur ordinateur.

Niveau d'études minimum requis

  • Niveau Niveau 7 Master/diplômes équivalents
  • Spécialisation Informatique, traitement de l'information, réseau de transmission des données

Langues

  • Français Seuil

Qui sommes-nous ?

Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation.

C’est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 33 000 femmes et hommes (dont plus de 16 000 chercheurs et plus de 16 000 ingénieurs et techniciens), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines.

En savoir plus sur l'employeur

À propos de l'offre

  • Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

  • Vacant

  • Responsable du système d'information « métier »

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