Ingénieur de recherche hospitalier

Il y a un besoin urgent d’établir les conséquences de l’ingestion de légumes obtenus après irrigation avec des eaux usées. Ces légumes sont enrichis en antibiotiques et probablement avec des gènes de résistance aux antibiotiques (GRAs). Dans les pays industrialisés, les hommes acquièrent les GRAs principalement à partir d’autres hommes mais aussi par la nourriture. Nous faisons donc l’hypothèse que des traces d’antibiotiques apportés par la
consommation de légumes irrigués avec des eaux usées (i) vont compenser le coût biologique de la résistance aux antibiotiques (ii) casse la résilience du microbiote intestinal et (3) favorise l’implantation des GRAs provenant des légumes et des hommes dans le microbiote digestif de l’hôte.

Pour tester cette hypothèse, le post-doctorant devra :

- Réaliser des expérimentations ex-vivo en utilisant des bioréacteurs alimentés par les récoltes alimentaires seules (irriguées avec de l’eau “propre” et des eaux usées traitées ou non par un traitement tertiaire) ou en combinaison avec des bactéries résistantes aux antibiotiques (BRAs) (Escherichia coli productrices de bêta-lactamases, Klebsiella pneumoniae productrices de carbapénémases…)

- Évaluer l’abondance et le contexte génétique des BRAs par qPCR et séquençage
long-read, respectivement

- Explorer l’effet des légumes irrigués avec les eaux usées sur la composition du
microbiote digestif, sa diversité et sa richesse seront explorés par séquençage
métagénomique 16S avec le support de la plateforme de bioinformatique 2B2S

- Explorer l’impact de l’exposition aux antibiotiques, en particulier à des niveaux
maximum de résidus dans la nourriture, sur la dynamique des gènes des eaux
irriguées dans l’intestin

- Présenter les avancées du projet et les résultats durant des réunions d’équipe et des congrès