Ingénieur de recherche pour le développement de la suite d’outils de Full-RNA (H/F)

Référence : UMR9198-DANGAU-008

  • Fonction publique : Fonction publique de l'État
  • Employeur : Centre national de la recherche scientifique (CNRS)
  • Localisation : 91198 GIF SUR YVETTE (France)
Domaine : Recherche
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  • Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
  • Nature du contrat Non renseigné
  • Expérience souhaitée Non renseigné
  • Rémunération Fourchette indicative pour les contractuels Salaire brut mensuel de 2932€ à 3095€ selon expérience € brut/an Fourchette indicative pour les fonctionnaires Non renseignée
  • Catégorie Catégorie A (cadre)
  • Management Non renseigné
  • Télétravail possible Non renseigné

Vos missions en quelques mots

Missions :
Piloter techniquement le projet de développement de l'outil REINDEER, programme de bioinformatique permettant à des non spécialistes de créer et d'interroger leurs propres index de séquences notamment sur des questions liées à la santé.
Activités :
-Piloter le projet de développement de l'outil en apportant des améliorations techniques et en ajoutant des fonctionnalités
-Collaborer avec les équipes de recherches et apporter une expertise dans l'utilisation des méthodes mathématiques et des techniques informatiques pour la modélisation et la simulation d'un phénomène physique
- Faciliter les I/O, paramétrage, documentation technique et utilisateur.
- Automatisation de tests unitaires et fonctionnels, tests de performance.
- Packaging, installation via conda ou pip. Mise en place d’intégration continue.
- Aide au déploiement d'index dans les équipes partenaires.
- Développement d’une API REST afin de faciliter l’interfaçage avec l'outil, notamment pour l’interrogation d’index via des interfaces web.

Contexte de travail :
Reindeer permet d’associer à large échelle des ARNs à leurs abondances dans un grand nombre de conditions expérimentales. Pour cela, il indexe des jeux de données de séquençage ARN correspondant à différentes conditions dans une grande banque de données (plusieurs milliers de jeux). Reindeer permet ensuite la fouille de ces banques de manière efficace, et a été le premier à le faire à large échelle (en 2020)(1). Il est ainsi possible de mesurer très rapidement la présence et l’abondance de fragments d’ARN dans des milliers d’échantillons. Nous avons récemment montré l'utilité de Reindeer dans la recherche en cancérologie (2). Son successeur Reindeer2 améliore sensiblement ses performances, permettant un passage à l’échelle sur des collections de 10000 jeux de données ou plus.
L'ingénieur exercera ses missions en partie à l'I2BC Gif sur Yvette (Ile de France-Essonne) et au laboratoire CRIStAL (Lille).

Références:
1. Marchet C, Iqbal Z, Gautheret D, Salson M, Chikhi R. (2020) REINDEER: efficient indexing of k-mer presence and abundance in sequencing datasets Bioinformatics. 36(suppl.). i177-i185. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa487
2. Bessière C, Xue H, Guibert B, Boureux A, Rufflé F, Viot J, Chikhi R, Salson M, Marchet C, Commes T, Gautheret D. (2024) Transipedia.org: k-mer-based exploration of large RNA sequencing datasets and application to cancer data. Genome Biol. 25:266. https://doi.org/10.1186/s13059-024-03413-5

Profil recherché

Competences :
- expert en bioinformatique des séquences, arbres de de Brujn, indexation de séquences
- Maîtrise de la programmation en C/C++ ou Rust
- Bases de programmation Web
- Mathématiques
-outils de calcul scientifique
- Méthodologie de conduite de projet
- Langue anglaise : B2 à C1 (cadre européen commun de référence pour les langues)
- Piloter un projet
- Mettre au point ou adapter des techniques nouvelles
- Programmer dans différents environnements informatiques
- Accompagner et conseiller
- Communiquer et faire preuve de pédagogie
Contraintes et risques :

Niveau d'études minimum requis

  • Niveau Niveau 7 Master/diplômes équivalents
  • Spécialisation Informatique, traitement de l'information, réseau de transmission des données

Langues

  • Français Seuil

Qui sommes-nous ?

Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation.

C’est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 33 000 femmes et hommes (dont plus de 16 000 chercheurs et plus de 16 000 ingénieurs et techniciens), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines.

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À propos de l'offre

  • Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

  • Vacant

  • Experte / Expert en calcul scientifique

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