Ingénieur d’Etude en Bioinformatique et Séquençage nanopore (H/F)

Référence : UMR5535-SARADE-052

  • Fonction publique : Fonction publique de l'État
  • Employeur : Centre national de la recherche scientifique (CNRS)
  • Localisation : 34293 MONTPELLIER (France)
Domaine: Recherche
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  • Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
  • Nature du contrat Non renseigné
  • Expérience souhaitée Non renseigné
  • Rémunération (fourchette indicative pour les contractuels) A partir de 2304€ brut mensuel ajustable selon experience € brut/an
  • Catégorie Catégorie A (cadre)
  • Management Non renseigné
  • Télétravail possible Non renseigné

Vos missions en quelques mots

Missions :
L'ingénieure ou l'ingénieur implémentera le séquençage sur nanopores (MiniON, ONT) de longues molécules d'ADN, et la détection de segments contenant du BrdU. L'agent analysera l’activation des origines de réplication et le timing de réplication des chromosomes de levure. Elle ou il identifiera la nature et l’étendue des translocations générées dans un mutant de levure, en utilisant les logiciels adaptés (Minimap, CuteSV, etc…). Elle ou il participera aussi à l'obtention de banques et au séquençage d'ADN génomique de très grande taille (supérieur à100 kb) permettant de calculer une densité globale de fourches de réplication sur le génome, ou sur un locus donné.


Activités :
- Préparer les banques de séquençage HMW pour MiniON (Oxford Nanopore Technologies)
- Adapter et implémenter les méthodes publiées de détection de BrdU par séquençage nanopore
Participer avec l'ingénieur en bioinformatique du service à l'analyse des signaux BrdU/EdU et à la cartographie des origines et fourches de réplication
- Utiliser l'appareil SAGE-HLS pour la purification d'ADN de haut poids moléculaire (HMW)
Activités transverses
- Rédiger et présenter des rapports d'expériences ou d'études et notes techniques
- Participer à la gestion des moyens techniques et financiers alloués
- Assurer une veille scientifique et technologique
- Assurer l'application des principes et des règles d'hygiène et de sécurité

Contexte de travail :
L'IGMM s'organise en 18 équipes de recherche, plateformes technologiques et services logistiques. Ses travaux ont un impact international fondamental en biologie moléculaire et cellulaire. Il est situé sur le campus CNRS historique de la « Route de Mende » et partage de nombreux programmes et plateformes technologiques avec ses instituts partenaires voisins, le CRBM et I'IRIM. Ainsi, outre un atelier et un magasin, les équipes et plateformes ont accès à toutes les technologies de base (imagerie confocale, cytométrie de flux..). Ensemble, ces trois instituts représentent un potentiel de 500 personnes dévolu à la recherche.

L'agent sera amené à travailler dans les locaux de l’équipe d recherche dirigée par Étienne Schwob à l’IGMM. Elle ou il collaborera et bénéficiera de l’aide d’un ingenieure de recherche CNRS du service SERANAD à IGMM pour le développement de logiciels à façon et les analyses statistiques.


Profil recherché

Competences :
- Connaissances en séquençage sur nanopores, bio-informatique, culture cellulaire, génomique
- Autonomie, rigueur, piloter des instruments scientifiques, utiliser des logiciels multiples
- Savoirs-être Motivation, assiduité, communication, travail en équipe

Contraintes et risques :

Niveau d'études minimum requis

  • Niveau Niveau 6 Licence/diplômes équivalents
  • Spécialisation Sciences naturelles (biologie-géologie)

Langues

  • Français Seuil

Qui sommes-nous ?

Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation.

C’est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 33 000 femmes et hommes (dont plus de 16 000 chercheurs et plus de 16 000 ingénieurs et techniciens), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines.

En savoir plus sur l'employeur

À propos de l'offre

  • Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

  • Vacant

  • Experte / Expert en biologie - SVT

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