Ingénieur d’étude (H/F) pour analyser des données de transcriptomes

Missions :
Le poste s’adresse à un candidat motivé (H/F) par une activité de recherche qui aura la charge de mener des analyses bioinformatiques innovantes, sur les données transcriptomiques déjà générées du projet de recherche MOA-ID, grâce aux outils classiques et des outils d’analyse que nous avons développés.
Activités :
• Réaliser les contrôles qualité sur les données de transcriptomiques issue de séquençage haut-débit (type RNA-Seq),
• Traiter les données brutes de transcriptomiques (cartographies sur les génomes de médaka et de xénope puis analyses différentielles),
• Assurer la visualisation et la représentation des données à l’aide d’outils standards ou développés à façon (« Genome Browser » ou autre),
• Analyser les variations des transcriptomes (profils d’expression et ontologie),
• Identifier les gènes d’intérêt par une approche de biologie des systèmes correspondant à la construction et l’étude de réseaux de voies de signalisation biologique,
• Si besoin, concevoir ou développer de nouveaux outils bioinformatiques pour répondre aux questionnements rencontrés lors de l’analyse des variations des transcriptomes,
• Interagir avec les intervenants dans le projet MOA-ID afin d’optimiser l’interprétation des résultats obtenus.

Contexte de travail :
Selon la réglementation Européenne, « Un perturbateur endocrinien (PE) est une substance qui altère les fonctions du système endocrinien et de ce fait induit des effets néfastes dans un organisme intact (...) ». Pour qu’une substance soit identifiée PE, il faut donc que la manière dont elle induit des effets délétères doit être décrite par une procédure normalisée appelée « mode d’action endocrinien » (MoA). Il existe plusieurs MoA possibles : une interaction avec le récepteur mais également un dérèglement de la production, du transport ou l’élimination d’une hormone. Certains de ces MoA peuvent être révélés par des tests in vitro, mais d’autres nécessitent une étude in vivo ou sur un organisme entier.
La stratégie d’évaluation européenne s’appuie sur la réalisation de tests permettant de déterminer leurs actions possibles sur les axes endocriniens. Les tests sont pratiqués selon des lignes directrices validées par l’Organisation de Coopération et de Développement (OCDE). Pour la perturbation thyroïdienne, il existe deux lignes directrices qui reposent sur des évaluations morphométriques lors de la métamorphose des amphibiens. Les travaux du laboratoire Watchfrog et l’UMR7221 sont à l’origine de la troisième ligne directrice : le test XETA (Xenopus Eleutheroembryonic Thyroid Assay). Ce test utilise une lignée transgénique où l’expression d’un marqueur fluorescent est placée sous le contrôle du promoteur d’un gène cible des hormones thyroïdiennes. Ainsi, les variations de la fluorescence dans l’animal in vivo indiquent si la substance testée affecte la signalisation thyroïdienne. En plus, le XETA peut apporter des indices sur le MoA. No
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