Ingénieur-e biologiste en traitement de données H/F

Référence : UMR7241-MOBINT-O53006

  • Fonction publique : Fonction publique de l'État
  • Employeur : Centre national de la recherche scientifique (CNRS)
  • Localisation : 75221 PARIS CEDEX 05 (France)
Domaine : Recherche
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  • Nature de l’emploi Emploi ouvert aux titulaires et aux contractuels
  • Expérience souhaitée Non renseigné
  • Rémunération Fourchette indicative pour les contractuels Non renseignée Fourchette indicative pour les fonctionnaires Non renseignée
  • Catégorie Catégorie A (cadre)
  • Management Non renseigné
  • Télétravail possible Non renseigné

Vos missions en quelques mots

Mission :
L'ingénieur-e biologiste en analyse de données aura la charge du développement et l'analyse des données de séquence. Il/Elle apportera conseil et formation auprès des utilisateurs des outils bioinformatiques. Il/Elle participera aux projets de recherche et veillera à la maintenance des outils bioinformatiques.
Activité :
1) 50% développement et analyses :
- Développement des outils de traitements automatisés de données biologiques et les appliquer dans le cadre de programmes de recherche
- Identification et application de logiciels de bioinformatique existants pour les différentes étapes de l'analyse des données de séquences (par exemple : contrôle qualité, assemblage, mapping, alignement, annotation, inférence phylogénétique, analyses évolutives)
- Automatisation et standardisation à l'aide de scripts (bash, python, pearl, etc.) et de pipelines dédiés
- Développement / programmation de méthodes ad hoc et conception de packages

2) 50% conseil, formation aux équipes, aide à la gestion de projets bioinformatiques :
- Rédaction des protocoles d¿utilisation des outils et des méthodes mises en place en (1)
- Conseil pour le choix de méthodologies lors de l'élaboration d'un projet scientifique et dans leur mise en œuvre
- Formation, conseil et assistance aux utilisateurs des outils d'analyse de séquences
- Transfert de connaissances et des savoir-faire (animation de réunions bioinformatique, contribution à l'écriture d'articles)
- Formation et/ou encadrement (scientifiques, partenaires en accueil, stagiaires et étudiants)
- Veille scientifique sur les logiciels et test de nouvelles approches
- Maintenance des outils bioinformatiques développés au CIRB

Profil recherché

Contexte :
Le CIRB (Centre Interdisciplinaire de Recherche en Biologie) au Collège de France, souhaite recruter ingénieur en bioinformatique pour analyser les données de séquence ayant une importance croissante en biologie. Le CIRB comprend 20 équipes réparties en 3 axes (Biologie Cellulaire & Développement, Neurosciences, Ecologie & Evolution), pour une Unité comprenant environ 200 personnes. La personne recrutée accompagnera les équipes du CIRB dans leurs projets d¿analyse de séquences, en particulier les équipes de l'axe Ecologie & Evolution composé de 5 équipes. Il/Elle sera placé sous la responsabilité hiérarchique du Responsable de l'axe Ecologie et Evolution.
Competence :
Connaissance
- Connaissances approfondies en bioanalyses et bioinformatique
- Connaissance en gestion des bases de données
- Connaissances de base en biologie (notamment biologie des populations ou microbiologie)
- Langue anglaise : B1 à B2 (cadre européen commun de référence pour les langues)

Savoir-faire
- Expertise dans au moins un langage de programmation commun, comme R, Python ou C/C++
- Expertise en réalisation de pipelines d'analyse (bash, python, snakemake, perl, etc.)
- Expertise sur les logiciels standards d'analyse de données de séquence (contrôle qualité, assemblage, mapping, alignement, annotation, inférence phylogénétique, analyses évolutives)
- Gestion de grands jeux de données scientifique, en accord avec les principes FAIR
- Utilisation de cluster
- Savoir s'auto-former sur de nouveaux langages, nouveaux logiciels et nouvelles technologies
- Faire de la veille logicielle

Savoir être
- Aisance relationnelle
- Capacité à travailler en équipe

Niveau d'études minimum requis

  • Niveau Niveau 6 Licence/diplômes équivalents
  • Spécialisation Sciences naturelles (biologie-géologie)

Langues

  • Français Seuil

Qui sommes-nous ?

Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation.

C’est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 33 000 femmes et hommes (dont plus de 16 000 chercheurs et plus de 16 000 ingénieurs et techniciens), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines.

En savoir plus sur l'employeur

À propos de l'offre

  • Campgane printemps 2025

  • Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

  • Vacant

  • Experte / Expert en biologie - SVT

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