Ingénieur-e biologiste en traitement de données
Référence : 2024-1787211
- Fonction publique : Fonction publique de l'État
- Employeur : Institut national de la santé et de la recherche médicale (INSERM)
- Localisation : LYON
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- Nature de l’emploi Emploi ouvert aux titulaires et aux contractuels
- Expérience souhaitée Non renseigné
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Rémunération (fourchette indicative pour les contractuels) Non renseigné
- Catégorie Catégorie A (cadre)
- Management Non renseigné
- Télétravail possible Non renseigné
Vos missions en quelques mots
Mission principale
La personne recrutée rejoindra le « Hub BIO-COMPUTING », structure transversale du laboratoire, sous la responsabilité du Directeur du LBMC, D. Auboeuf en liaison avec les responsables scientifiques (D. Jost, F. Mortreux) et opérationnels (L. Modolo) de cette structure. La mission principale de l’agent sera de participer au développement de méthodologies adaptées à la recherche du LBMC, en particulier en lien avec le traitement et l’analyse de données omiques, sur des thématiques portées par les équipes du laboratoire incluant l’organisation 3D du génome, l’épigénétique et le métabolisme des ARNs. L’ingénieur-e accompagnera les chercheurs tout au long du processus de production et d’analyse de données (traitement et analyse, modélisation, stockage et data management) ainsi que les personnels du LBMC afin qu'ils puissent améliorer leurs bonnes pratiques liées au bio-computing.
Activités principales
· Mettre en place des procédures standardisées de traitement et d’analyse des données de omiques depuis leur production en utilisant des infrastructures de calculs adaptées (ex : cluster de calcul) jusqu’à leur dépôt sur les entrepôts de données (ex : NCBI/EBI).
· Aider à l’implémentation de développements méthodologiques pour traitement de données biologiques (ex : omiques, imagerie, modélisation) .
· Assurer le respect des normes qualité et des réglementations en vigueur pour garantir la reproductibilité des analyses effectuées et aider les différentes équipes à améliorer leurs bonnes pratiques (ex : codage, développement logiciel, conteneurisation).
· Participer à la formation interne des membres du laboratoire à ces nouvelles méthodologies et à l’activité du réseau bio-informatique local en participant à des formations.
· Accompagner les équipes de recherche : conseils méthodologiques, assistance, formation et former les chercheurs aux procédures existantes et assurer le support technique et la formation aux outils développés.
· Participer à des co-encadrements d’étudiants sur des projets de recherche en collaboration avec des bio-informaticiens ou avec des biologistes.
Spécificité(s) et environnement du poste
· Le LBMC est un laboratoire de biologie fondamentale qui permettra au candidat d’aborder une large variété de thématiques biologiques et de types de données produites et à traiter.
· Le candidat sera intégré au sein du Hub Biocomputing et aura du temps dédié pour se former aux nouvelles méthodes d’analyse de données ou à la programmation (ex : biostatistique, deep learning), entouré par les autres membres du Hub experts dans ces domaines.
Compétences attendues
Connaissances • Connaissances générales en biologie cellulaire et moléculaire.
• Expertise en développement de pipelines bioinformatiques pour le traitement et l'analyse de données.
• Bonnes connaissances sur le fonctionnement des clusters de calcul et sur le stockage et le dépôt de données.
• Des connaissances en analyses statistiques communément utilisées en biologie (ex : modèles linéaires, ACP) seraient un plus.
Savoir-faire • Maîtrise de logiciels requis pour l'analyse de données en omiques (ex : DESeq2, TopHat, STAR, samtools, bedtools, etc.).
• Maitrise d'au moins un langage de programmation (ex : Python, R, Bash), et des systèmes Unix/Linux. Une connaissance de langages compilés serait un plus.
• Connaissance d'outils pour la gestion de codes (ex : git).
• Utilisation d'infrastructures et de clusters de calculs (ex : pour l'analyse des données ou l'exploration numérique de modèles computationelles).
• Développement de pipelines bioinformatiques pour le pré-traitement, l'analyse et la modélisation de données biologiques. L'utilisation de nextflow et nf-core serait un plus.
• Mise en place de bonnes pratiques sur l'utilisation des données
Aptitudes • Maîtriser l'anglais scientifique à l'oral et à l'écrit. Les candidats seront capables, en anglais, de s'exprimer, de suivre une présentation scientifique ou une réunion de laboratoire, de lire des publications et d'aider à la rédaction de travaux de recherch
Localisation
À propos de l'offre
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Candidatures :
Fonctionnaires Inserm
· Vous devez constituer un dossier en ligne via l'application Gaia de l'Inserm accessible à l'adresse https://www.gaia2.inserm.fr/login· La connexion à Gaia se fait avec les identifiants de votre compte prenom.nom@inserm.fr
Fonctionnaires non Inserm
· Vous devez créer un compte sur l’application Gaia de l'Inserm accessible à l'adresse https://www.gaia2.inserm.fr/login· Précisez vos corps, grade et indice majoré.
Pour en savoir +
· Sur l’Inserm : https://www.inserm.fr/ ; site RH : https://rh.inserm.fr/Pages/default.aspx· Sur la politique handicap de l’Inserm et sur la mise en place d’aménagements de poste de travail, contactez la Mission Handicap : emploi.handicap@inserm.fr
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Vacant à partir du 01/06/2025
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Experte / Expert en production, traitement et analyse de données
