Ingénieur-e biologiste en traitement de données
Référence : 2025-1798345
- Fonction publique : Fonction publique de l'État
- Employeur : Nantes Université
- Localisation : Nantes
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- Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
- Nature du contrat Non renseigné
- Expérience souhaitée Non renseigné
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Rémunération (fourchette indicative pour les contractuels) Entre 23 567 et 36 693€ € brut/an
- Catégorie Catégorie A (cadre)
- Management Non
- Télétravail possible Oui
Vos missions en quelques mots
Missions
L’ingénieur devra réaliser une analyse basée sur des données de single-cell. Cela inclura traiter les données à l’aide du logiciel CellRanger puis les analyser avec le package R Seurat pour identifier des signature biologique associé à une « absence de réponse au traitement », une « réponse insuffisante au traitement », ou une « rechute du patient ». En parallèle, le framework MOFA+ sera utiliser pour réaliser une analyse non supervisée utilisant des données multi-omiques dont celle du single cell.
Activités principales
- Alignement des données de single-cell à l’aide du logiciel CellRanger
- Utilisation du package R Seurat pour réaliser des contrôles qualités et des analyses d’expression différentielles entre plusieurs groupes pour identifier des signatures biologiques spécifique à chaque groupe de participants.
- Utilisation du framework MOFA+ pour réaliser une analyse non supervisée à l’aide des données de single-cell.
Profil recherché
• Formation et/ou qualification : Formation en immunologie et bio-informatique
• Expériences antérieures bienvenues pour occuper le poste : analyse de données transcriptomiques avec le langage de programmation R.
• Savoir utiliser les langages de programmation R et bash
• Poste ouvert aux agents susceptibles de se prévaloir d’une priorité légale conformément aux dispositions de l’article L.512-19 du Code Général de la Fonction Publique (sur présentation d’un justificatif).
Niveau d'études minimum requis
- Niveau Niveau 6 Licence/diplômes équivalents
- Spécialisation Chimie-biologie, biochimie, Informatique, traitement de l'information, réseau de transmission des données
Compétences attendues
Compétences et connaissances requises
Savoirs généraux, théoriques ou disciplinaires :
- Immunologie
- Bio-informatique
Savoir-faire opérationnels :
- Savoir coder avec le langage R
- Savoir analyser et interpréter des données omiques
Savoir-être :
- Travailler en équipe
- Être sérieux et motivé
Localisation
Qui sommes-nous ?
Nantes Université est un établissement public d’enseignement supérieur et de recherche qui propose un modèle d’université inédit en France unissant une université, un hôpital universitaire (CHU de Nantes), un institut de recherche technologique (IRT Jules Verne), un organisme national de recherche (Inserm) et des grandes écoles (Centrale Nantes, École des Beaux-Arts Nantes Saint-Nazaire, École d’Architecture de Nantes).
Ces acteurs concentrent leurs forces pour développer l’excellence de la recherche nantaise et offrir de nouvelles opportunités de formations, dans tous les domaines de la connaissance.
Durable et ouverte sur le monde, Nantes Université veille à la qualité des conditions d’études et de travail offertes à ses étudiantes, étudiants et personnels, pour favoriser leur épanouissement sur tous ses campus de Nantes, Saint-Nazaire et La Roche-sur-Yon.
Descriptif du service
· Le CR2TI est une Unité Mixte de Recherche de l’Inserm et de Nantes Université basée sur le campus du CHU de Nantes et le bâtiment IRS2. Il est constitué de 6 équipes de recherche pour un total de 230 personnes (chercheurs, enseignants-chercheurs, cliniciens, étudiants, ingénieurs, techniciens) principalement dédiées au décryptage des mécanismes immunologiques et à l'amélioration du diagnostic et des traitements dans les domaines de la transplantation d’organes, des maladies inflammatoires, auto-immunes et des maladies infectieuses.
· L’équipe 6 se spécialise dans l’étude des relations hôtes-pathogène pour mieux comprendre les réponses immunitaires causées par des infections virales ou bactériennes. Ici, nous collaborons avec Sophie Conchon (Inserm UMR 1064) sur le projet Prediction of Treatment Efficacy and Risk of Relapse for Autoimmune Hepatitis (PRETERRAH). Ce projet a pour objectif de créer un modèle permettant d’évaluer la réponse au traitement d’individus atteints d’hépatite auto-immune, permettant d’adapter leur traitement si nécessaire pour augmenter le nombre de patient en rémission.
À propos de l'offre
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Vacant à partir du 09/01/2025
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Experte / Expert en production, traitement et analyse de données
