Ingénieur-e de recherche en bio-informatique
Référence : 2024-1787179
- Fonction publique : Fonction publique de l'État
- Employeur : Institut national de la santé et de la recherche médicale (INSERM)
- Localisation : LYON
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- Nature de l’emploi Emploi ouvert aux titulaires et aux contractuels
- Expérience souhaitée Non renseigné
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Rémunération (fourchette indicative pour les contractuels) Non renseigné
- Catégorie Catégorie A (cadre)
- Management Non renseigné
- Télétravail possible Non renseigné
Vos missions en quelques mots
Mission principale
L'ingénieur-e de recherche en bio-informatique aura en charge la conception et la réalisation des analyses des données obtenues dans le cadre de projets de recherche sur le cancer, sur diverses problématiques visant à mieux comprendre la susceptibilité, l'initiation, la progression et la plasticité tumorale. Il/elle aura également en charge la modélisation de systèmes biologiques, l'analyse d'images et la biologie systémique en oncologie. Il/Elle sera intégré-e dans une plateforme dédiée accueillant des bio informaticiens et des biostatisticiens, et sera en collaboration étroite avec les biologistes et des cliniciens du CRCL.
Définition de plans d'analyses bio-informatiques avec les chercheurs pour répondre aux questions biologiques et cliniques :
· Réaliser et/ou encadrer la réalisation des analyses bioinformatiques du séquençage de nouvelle génération (NGS) principalement pour caractériser les profils génomiques et d'expression génique des tumeurs et de leur transformation.
· Concevoir et implémenter en équipe de nouveaux pipelines et/ou méthodes statistiques pour traiter les données (RNA-seq, DNA-seq, Single-Cell).
· Conseiller les utilisateurs sur les possibilités et limites des techniques disponibles.
· Communiquer les résultats dans des rapports scientifiques, des séminaires et participer à la rédaction des articles scientifiques.
· Animer des réseaux professionnels d'échange de compétences.
· Appliquer et faire appliquer les bonnes pratiques en matière de développement logiciel et d'usage des ressources informatique.
Compétences attendues
Connaissances • Bonne connaissance en analyses génomiques et transcriptomique
• Connaissance souhaitée en analyse des bases de données publiques omiques (p.ex. TCGA, ICGC, EGA, COSMIC)
• Connaissance en programmation - maîtriser au moins un langage de programmation standard utilisé en bioinformatique (C ++, Java, Python, R).
• Connaissances en biologie computationnelle et modélisation
• Connaissance de l'environnement Unix (des connaissances en administration de base sont un plus).
• Expérience de travail avec des données massives sur un cluster HPC
Savoir-faire • Coordonner des projets scientifiques et en assurer l'expertise technologique.
• Savoir modifier ou créer du code pour adapter un programme, l'étendre ou le développer ex-nihilo.
• Garantir la qualité et la pertinence des outils d'analyse et les résultats
• Élaborer un budget
• Langue anglaise : B2 à C1 (cadre européen commun de référence pour les langues)
Aptitudes
• Autonomie
• Bonne écoute (en particulier des partenaires biologistes)
• Créativité / Inventivité
• Sens critique
Qui sommes-nous ?
Descriptif du service
CRCL - Centre de recherche en cancérologie de Lyon
À propos de l'offre
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Pour en savoir + et postuler :
· Sur l’Inserm : https://www.inserm.fr/ ; site RH : https://rh.inserm.fr/Pages/default.aspxFonctionnaires Inserm
· Vous devez constituer un dossier en ligne via l'application Gaia de l'Inserm accessible à l'adresse https://www.gaia2.inserm.fr/login· La connexion à Gaia se fait avec les identifiants de votre compte prenom.nom@inserm.fr
Fonctionnaires non Inserm
· Vous devez créer un compte sur l’application Gaia de l'Inserm accessible à l'adresse https://www.gaia2.inserm.fr/login· Précisez vos corps, grade et indice majoré.
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Vacant à partir du 01/06/2025
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Experte / Expert en production, traitement et analyse de données