Ingénieur-e en expérimentation et instrumentation biologiques H/F

Contexte :
L'IPBS regroupe des équipes de biologistes dans les domaines du cancer et des maladies infectieuses,
qui utilisent la protéomique et la spectrométrie de masse (MS) structurale pour caractériser et
valider de nouvelles voies et cibles thérapeutiques. La personne recrutée intégrera l'équipe
Protéomique et Spectrométrie de Masse des Biomolécules (22 membres), qui héberge la plateforme
protéomique de Toulouse (proteotoul.ipbs.fr, label IBiSA, normes ISO9001/NFX 50-900, intégrée au
réseau local des plateformes Génotoul), et constitue un des trois nœuds fondateurs (huit nœuds
aujourd'hui) de l'Infrastructure Nationale de protéomique, ProFI. L'équipe mène des recherches en
protéomique à large échelle et en MS structurale et répond aux besoins de la communauté scientifique
en biologie, santé et agrobiosciences.

L'ingénieur.e recruté.e jouera un rôle clé dans l'organisation de l'équipe et contribuera activement
aux actions menées par ProFI. Il/Elle appliquera toutes les étapes des approches de protéomique à
large échelle et/ou de MS structurale, de la préparation des échantillons à l'analyse
bioinformatique des données. Il/Elle mettra en œuvre et optimisera les techniques nano- et micro-
chromatographiques pour la séparation de peptides et protéines, ainsi que les méthodes d'acquisition
MS sur les divers instruments du parc (Orbitrap Q-Exactive, Fusion, Exploris et Q-TOF TimsTOF,
SynaptG2Si). Il/Elle participera aux développements récents de la protéomique en cellule unique, de
l'immunopeptidomique et des méthodes de MS structurale (top-down MS, MS native, HDX-MS).
Il/Elle travaillera en collaboration avec les biologistes/structuralistes pour exploiter les données
et répondre aux problématiques biologiques.

Competence :
Connaissances/savoirs fondamentaux :
- Acquisition et traitement des données protéomiques par spectrométrie de masse (connaissance
approfondie)
- Informatique appliquée (connaissance approfondie)
- Spectrométrie de Masse Structurale (connaissance approfondie des différentes méthodes).
- Biologie / Chimie / Biochimie des protéines (connaissance approfondie)
- Biologie Structurale.
- Outils mathématiques et informatiques nécessaires à l'exploitation des résultats de MS
structurale.
- Concepts de qualité appliqués aux techniques de spectrométrie de masse.
- Techniques séparatives et de préparation d'échantillons protéiques et peptidiques
(purification, dessalage, digestion...)
- Réglementation en matière d'hygiène et de sécurité et risques professionnels (chimiques,
électriques, microbiologiques...).
- Langue anglaise : B2 à C1 (cadre européen commun de référence pour les langues)


Compétences opérationnelles :
- Maîtriser les méthodes biochimiques et les techniques séparatives des protéines et des
peptides (lyse cellulaire, dosage, fractionnement HPLC, purification par affinité, dessalage,
digestion enzymatique,...)
- Maîtriser les méthodes d'acquisition et les outils informatiques de pilotage des
spectromètres de masse pour l'analyse des peptides et protéines (Excalibur, Data Analysis, MassLynX)
- Maîtriser les logiciels de traitements des données MS en protéomique quantitative et MS
structurale (MaxQuant, ProteomeDiscoverer, DIANN, Spectronaut,..) et les méthodes d'analyses
statistiques
- Appliquer les techniques de maintenance des appareils et garantir la qualité des données
acquises
- Mettre en œuvre la démarche qualité (ISO9001, NFX 50-900)
- Appliquer les règles d'hygiène et de sécurité
- Maîtriser l'utilisation des outils de recherche bibliographique
- Transmettre des connaissances
- Interagir avec l'ensemble des interlocuteurs (collaborateurs, équipe, SAV)