Ingénieur-e en traitement de données génomiques (F/H)

Vous intègrerez l’équipe « Diversité, évolution, et génomique des interactions BIotiques » (DEBI) qui s'intéresse à la diversité et à la dynamique évolutive (structurale et fonctionnelle) des génomes dupliqués de Brassica et à leur rôle dans la réponse aux stress ou dans la régulation de la recombinaison méiotique. Vous viendrez compléter les compétences du collectif Brassica de l'UMR et conduirez des travaux portant sur la diversité (épi)génomique et son rôle dans la variation de l'expression de différents caractères d'intérêt. Dans ce cadre, vous serez amené-e à identifier les protocoles les plus appropriés pour l’obtention de diverses données NGS épigénomiques (BS-Seq, ATAC-Seq, ChIP-Seq, …) puis à les mettre en place avec l’aide de techniciens en biologie moléculaire dans l’équipe. Par la suite, vous serez en charge de l’analyse de ces données en étroite collaboration avec les scientifiques de l’équipe. Vous participerez aussi à la préparation des échantillons et à l'analyse d'autres données omiques (ex: issus de séquençage long reads pour l'assemblage de génomes ou l'étude de détection de variants), pour lesquels il existe des compétences en interne. Enfin, vous serez amené-e à étudier plus finement le rôle de certaines variations (épi)génomiques dans l'expression ou la régulation de divers traits d'intérêts chez les Brassica.
Dans le cadre de vos fonctions, vous serez responsable de la préparation des échantillons pour l'obtention de données (épi)génomiques faisant appel à diverses technologies puis de leur analyse après séquençage à haut débit.
Vous devrez réaliser une veille technologique en lien avec la production de données « omiques » (en particulier épigénomique) et au suivi de l’évolution des outils d’analyse.
Vous conseillerez les chercheurs sur les méthodologies et technologies les plus adaptées pour répondre à leurs questions et devrez former d’autres utilisateurs à ces différents techniques et outils omiques.
Plus précisément, vous devrez mettre en place les procédures de recueil et de contrôle des données, réaliser leurs traitements et organiser leur mise en forme.
Vous adapterez vos analyses aux besoins du projet et au matériel d’étude complexe (hybrides interspécifiques et de niveaux de ploïdie différents).
Vos données/analyses épigénomiques pourront être mises au regard d'autre données omiques (génomiques, transcriptomiques, métabolomiques, ou phénotypiques) sur le même matériel biologique, permettant d'améliorer les connaissances sur les mécanismes et les régions génomiques impliquées dans la diversification des traits, et notamment dans la réponse à des stress (a)biotiques ou dans la dérégulation de la recombinaison.
Une validation complémentaire de vos résultats en épigénomique pourra être réalisée par d’autres membres de l’équipe via d’autres approches, tels que l'hybridation in situ ou l'immunomarquage (cf plateforme de cytogénétique moléculaire disponible dans l’équipe).